Minor corrections. VERSION 5.0.07
authorAnthony Stone <ajs1@cam.ac.uk>
Thu, 1 Nov 2018 12:22:42 +0000 (12:22 +0000)
committerAnthony Stone <ajs1@cam.ac.uk>
Thu, 1 Nov 2018 12:37:22 +0000 (12:37 +0000)
INSTALL, README.txt: git clone command corrected
Makefile: Corrected to use env[ARCH] if set.
.gitignore: Ignore .pl files and some transient files.
orient_tests.py: added --omit option

.gitignore
INSTALL
Makefile
README.txt
VERSION
tests/.gitignore
tests/orient_tests.py
x86-64/pgf90/exe/.gitignore [deleted file]

index 38313dc..c90456f 100644 (file)
@@ -4,6 +4,8 @@ src/version.f90
 *~
 *.save
 *.test
+#  Perl scripts have mostly been replaced by Python versions.
+*.pl
 doc/figures/adlayer.tex
 **/modfiles
 bin/orient
@@ -14,3 +16,6 @@ temp/
 doc/Manual.bbl
 doc/Manual.out
 doc/Manual.toc
+*.fdb_latexmk
+*.fls
+
diff --git a/INSTALL b/INSTALL
index f362349..aad6664 100644 (file)
--- a/INSTALL
+++ b/INSTALL
@@ -4,7 +4,7 @@ Orient 5.0 Installation
 Installing from source:
 
 1.  In a suitable directory, run the command
-      git clone ch-stone@git.uis.cam.ac.uk:u/ajs1/Orient
+      git clone https://git.uis.cam.ac.uk/x/ch-stone/u/ajs1/Orient.git
     This will construct a clone of the program files in the
     subdirectory Orient. Change to this directory.
 
@@ -34,22 +34,26 @@ Installing from source:
 
        make [COMPILER=compiler] [OPENGL=no]
 
-    The items in square brackets are optional. Specify the compiler
-    that you want to use, if different from the default set in the
-    Makefile. If you don't have the OpenGL libraries, specify
-    OPENGL=no (but they are provided as standard under most operating
-    systems).
+    The items in square brackets are optional. (Don't include the
+    square brackets.) Specify the compiler that you want to use, if
+    different from the default set in the Makefile. If you don't have
+    the OpenGL libraries, specify OPENGL=no (but they are provided as
+    standard under most operating systems).
 
 5.  The Orient executable should appear as
     Orient/<arch>/<compiler>/exe/orient-5.0.nn, with a symbolic link
     to it from Orient/bin/orient.
 
-5.  Still in the Orient directory, run
+5.  Change to the Orient/tests directory, and run
 
-      make test
+      ./orient_tests.py [-h] [--omit formamide]
 
-    If you compile with OPENGL=no the formamide test will fail,
-    because it tries to use the display routines.
+    The items in square brackets are optional. If you compile with
+    OPENGL=no the formamide test will fail, because it tries to use
+    the display routines. To avoid this problem, use the --omit option
+    as shown (without the square brackets). The -h option will display
+    details of other options that can be used, for example to select
+    particular tests.
 
 
 
index 9b00d3d..b0c375f 100644 (file)
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -8,13 +8,15 @@ BASE     := ${shell pwd}
 #  or
 #  BASE   := ${HOME}/Orient-${VERSION}
 
-#  Specify your machine architecture
+#  Specify your machine architecture here, or set the
+#  environment variable ARCH.
+ifndef ARCH
 ARCH    := x86-64
-#  ARCH    := x86-32
 #  ARCH    := osx
-#  ARCH    := XP
+endif
 
-#  Select the default compiler.
+#  Select the default compiler here, or set the
+#  environment variable COMPILER.
 ifndef COMPILER
 COMPILER := gfortran
 #  COMPILER := nag
@@ -27,7 +29,7 @@ endif
 OPENGL := yes
 
 #  See ${BASE}/${ARCH}/${COMPILER}/Flags for compiler options.
-#  Check the settings in this file
+#  Check the settings in this file.
 include $(BASE)/${ARCH}/$(COMPILER)/Flags
 
 #  Use
@@ -85,7 +87,7 @@ endif
 
 orient:
        mkdir -p ${BASE}/${DIR}; cd ${BASE}/${DIR}; ${MAKE} -f ${BASE}/Makefile orient-${VERSION}.${PATCHLEVEL}${NG} BASE=${BASE}
-       cd ${BASE}/${DIR}; ln -sf orient-${VERSION}.${PATCHLEVEL}${NG} orient
+       cd ${BASE}/${DIR}; ln -f orient-${VERSION}.${PATCHLEVEL}${NG} orient
        ln -sf ${BASE}/${DIR}/orient ${BASE}/bin
 
 orient-${VERSION}.${PATCHLEVEL}${NG}: modules objects
index 0da55de..0b2398d 100644 (file)
@@ -17,7 +17,7 @@ Obtaining the program
 ---------------------
 
 In a suitable directory, run the command
-  git clone ch-stone@git.uis.cam.ac.uk:u/ajs1/Orient
+  git clone https://git.uis.cam.ac.uk/x/ch-stone/u/ajs1/Orient.git
 This will construct a clone of the program files in the subdirectory
 Orient.
 
diff --git a/VERSION b/VERSION
index bdaa68f..6f94819 100644 (file)
--- a/VERSION
+++ b/VERSION
@@ -1,3 +1,3 @@
 VERSION    := 5.0
-PATCHLEVEL := 06
+PATCHLEVEL := 07
 
index 3e2cd14..29313ea 100644 (file)
@@ -9,6 +9,7 @@ H2CO..HF/dump.ts
 H2CO..HF/freq
 H2CO..HF/min.xyz
 H2CO..HF/out
+H2CO..HF/ts.xyz
 H2O..H2O/min.xyz
 H2O..H2O/minf.xyz
 H2O..H2O/out
index 588bc33..6122341 100755 (executable)
@@ -61,6 +61,8 @@ parser.add_argument("--clean", action="store_true",
 parser.add_argument("--all", help="Run all tests", action="store_true")
 parser.add_argument("--force", help="Force tests to be run",
                     action="store_true")
+parser.add_argument("--omit", help="Omit specified tests", nargs="+", default=[])
+
 
 args = parser.parse_args()
 
@@ -77,6 +79,13 @@ test_list = ["H2CO..HF", "formamide", "water_hexamer", "HF..HF",
                "MD", "basinhop", "dielectric"]
 #  ,"urea_nanocrystal"]
 
+if args.omit:
+  for test in args.omit:
+    if test in test_list:
+      test_list.remove(test)
+    else:
+      print "No test {}".format(test)
+
 def clean(test):
   #  Remove test output files
   os.chdir(test)
diff --git a/x86-64/pgf90/exe/.gitignore b/x86-64/pgf90/exe/.gitignore
deleted file mode 100644 (file)
index 02e2dd2..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,4 +0,0 @@
-#  Ignore everything in this directory (i.e. object and module files)
-*
-#  Except this file itself
-!.gitignore