distrib directory removed
authorAnthony Stone <ajs1@cam.ac.uk>
Fri, 19 Oct 2018 11:07:07 +0000 (12:07 +0100)
committerAnthony Stone <ajs1@cam.ac.uk>
Fri, 19 Oct 2018 11:07:07 +0000 (12:07 +0100)
41 files changed:
distrib/Makefile [deleted file]
distrib/Notes [deleted file]
distrib/Orient-current/INSTALL [deleted symlink]
distrib/Orient-current/Makefile [deleted file]
distrib/Orient-current/NOTICE [deleted symlink]
distrib/Orient-current/README [deleted symlink]
distrib/Orient-current/Release_notes [deleted symlink]
distrib/Orient-current/VERSION [deleted symlink]
distrib/Orient-current/doc/Manual.pdf [deleted symlink]
distrib/Orient-current/osx/gfortran/Flags [deleted file]
distrib/Orient-current/src [deleted symlink]
distrib/Orient-current/tests/H2CO..HF [deleted symlink]
distrib/Orient-current/tests/H2O..H2O [deleted symlink]
distrib/Orient-current/tests/HF..HF [deleted symlink]
distrib/Orient-current/tests/MC [deleted symlink]
distrib/Orient-current/tests/MD [deleted symlink]
distrib/Orient-current/tests/NaCl..w2 [deleted symlink]
distrib/Orient-current/tests/README [deleted symlink]
distrib/Orient-current/tests/analyse6dipoles [deleted symlink]
distrib/Orient-current/tests/basinhop [deleted symlink]
distrib/Orient-current/tests/dielectric [deleted symlink]
distrib/Orient-current/tests/fit_CH4 [deleted symlink]
distrib/Orient-current/tests/formamide [deleted symlink]
distrib/Orient-current/tests/orient_tests.py [deleted symlink]
distrib/Orient-current/tests/urea_nanocrystal [deleted symlink]
distrib/Orient-current/tests/virialcoeff [deleted symlink]
distrib/Orient-current/tests/water_hexamer [deleted symlink]
distrib/Orient-current/x86-64/gfortran/Flags [deleted file]
distrib/Orient-current/x86-64/ifort/Flags [deleted file]
distrib/Orient-current/x86-64/nagfor/Flags [deleted file]
distrib/Orient-current/x86-64/pgf90/Flags [deleted file]
distrib/Windows_notes.php [deleted file]
distrib/check_source_list.py [deleted file]
distrib/download.php [deleted file]
distrib/other.files [deleted file]
distrib/prefix_src.py [deleted file]
distrib/release_notes.py [deleted file]
distrib/source-files [deleted file]
distrib/source_notes.php [deleted file]
distrib/test.files [deleted file]
utilities/redefine_axes.py [deleted file]

diff --git a/distrib/Makefile b/distrib/Makefile
deleted file mode 100644 (file)
index ea2baf4..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,300 +0,0 @@
-SHELL   := /bin/bash
-
-#  To update the local base, source and binary packages:
-#     make [tarfile] [source] [binaries] [x86-32-gfortran] [x86-64-nag] \
-#            [x86-64-gfortran] [x86-64-ifort] [XP-nag] [osx-gfortran] \
-#            [x86-64-ng-nag] [x86-64-ng-gfortran] [x86-64-ng-ifort]
-#  To copy the updated packages to the website:
-#     make update
-
-include ../VERSION
-
-D       := ${VERSION}
-V       := ${VERSION}.${PATCHLEVEL}
-V_osx   := ${V}
-V_XP    := 4.6.17
-V_x86-64_nag := ${V}
-V_x86-64_gfortran := ${V}
-V_x86-64_ifort := ${V}
-S       := $
-Q       := "
-
-SERVER  := www-stone.ch.private.cam.ac.uk
-BASE    := ~/orient/trunk
-
-NAME    = ${DIR}
-
-.SUFFIXES:
-
-help:
-       @echo 'Use "make <items>"'
-       @echo 'then "make update"'
-       @echo 'Items are:'
-       @echo 'base'
-       @echo 'source'
-       @echo 'x86-64-nag x86-64-gfortran x86-64-ifort osx-gfortran'
-       @echo 'x86-64-ng-nag x86-64-ng-gfortran x86-64-ng-ifort'
-       @echo 'binaries (all the above binaries)'
-
-all: base binaries source
-
-update: versions.inc force
-       rsync -avub versions.inc download.php ~/www/restrict/orient
-#      rsync -avub -e ssh --delete --copy-links --exclude-from ~/.rsyncx \
-            ~/www/restrict/orient ajs1@${SERVER}:www/restrict
-#      rsync -avub -e ssh --delete --copy-links --exclude-from ~/.rsyncx \
-            ~/www/documentation/orient ajs1@${SERVER}:www/documentation
-       cd ~/www/restrict/orient/; git add $<
-       echo 'Run "git commit" to commit changes'
-       echo 'Then go to ajs1@$SERVER}:/var/www/html and run "git pull"'
-
-source: Orient-$V-source.tgz ~/www/restrict/orient/Release_notes.shtml
-       cp -p ${BASE}/distrib/Orient-$V-source.tgz ~/www/restrict/orient
-       cd ~/www/restrict/orient/; git add $<
-
-base: Orient-$V-base.tgz
-       cp -p ${BASE}/distrib/Orient-$V-base.tgz ~/www/restrict/orient
-#      scp -p ~/www/restrict/orient/$< ajs1@${SERVER}:www/restrict/orient
-       cd ~/www/restrict/orient/; git add $<
-
-~/www/restrict/orient/Release_notes.shtml: ../Release_notes
-       ../bin/release.py
-       cd ~/www/restrict/orient/; git add Release_notes.shtml
-
-binaries: x86-64-nag x86-64-gfortran x86-64-ifort XP-nag osx-gfortran \
-       x86-64-ng-gfortran
-          # Orient-${V}-sparc.tar.gz Orient-${V_SGI}-sgi.tar.gz \
-          # Orient-${V_ALPHA}-alpha.tar.gz
-
-#  Basic package -- documentation and test files
-Orient-$V-base.tgz: force Orient-$V manual
-       tar --create --gzip --verbose --dereference --file=$@ \
-            --exclude .svn \
-            Orient-${V}/README Orient-${V}/NOTICE Orient-${V}/INSTALL \
-            Orient-${V}/Release_notes Orient-${V}/doc Orient-${V}/tests \
-            Orient-${V}/Makefile Orient-${V}/bin Orient-${V}/x86-64 \
-            Orient-${V}/osx
-       chmod a+r $@
-
-manual:
-       cd ../doc; make Manual.pdf
-       cp -p ../doc/Manual.pdf ~/www/documentation/orient/
-
-Orient-$V-source.tgz: force Orient-${V}
-       ./prefix_src.py source-files -v ${V} -o list
-       tar --create --gzip --verbose --dereference --file=$@ \
-            --exclude .svn \
-            Orient-${V}/README Orient-${V}/NOTICE Orient-${V}/INSTALL \
-            Orient-${V}/VERSION Orient-${V}/Release_notes \
-            Orient-${V}/Makefile Orient-${V}/bin \
-            Orient-${V}/x86-64 Orient-${V}/osx \
-            --files-from list
-       chmod a+r Orient-$V-source.tgz
-
-x86-32-nag: Orient-${V_x86-32}-x86-32-nagfor.tgz
-       mv -f $< ~/www/restrict/orient
-
-x86-32-gfortran: Orient-${V_x86-32}-x86-32-gfortran.tgz
-       cp -pf $< ~/www/restrict/orient
-       cd ~/www/restrict/orient; git add $<
-       @echo "---------------------------"
-
-x86-64-nag: Orient-${V_x86-64_nag}-x86-64-nagfor.tgz
-       cp -pf $< ~/www/restrict/orient
-       cd ~/www/restrict/orient; git add $<
-       @echo "---------------------------"
-
-x86-64-ng-nag: Orient-${V_x86-64_nag}-x86-64-ng-nagfor.tgz
-       cp -pf $< ~/www/restrict/orient
-       cd ~/www/restrict/orient; git add $<
-       @echo "---------------------------"
-
-x86-64-gfortran: Orient-${V_x86-64_gfortran}-x86-64-gfortran.tgz
-       cp -pf $< ~/www/restrict/orient
-       cd ~/www/restrict/orient; git add $<
-       @echo "---------------------------"
-
-x86-64-ng-gfortran: Orient-${V_x86-64_gfortran}-x86-64-ng-gfortran.tgz
-       cp -pf $< ~/www/restrict/orient
-       cd ~/www/restrict/orient; git add $<
-       @echo "---------------------------"
-
-x86-64-ifort: Orient-${V_x86-64_ifort}-x86-64-ifort.tgz
-       cp -pf $< ~/www/restrict/orient
-       cd ~/www/restrict/orient; git add $<
-       @echo "---------------------------"
-
-x86-64-ng-ifort: Orient-${V_x86-64_ifort}-x86-64-ng-ifort.tgz
-       cp -pf $< ~/www/restrict/orient
-       cd ~/www/restrict/orient; git add $<
-       @echo "---------------------------"
-
-XP-nag: Orient-${V_XP}-XP-nag.tgz
-       cp -pf $< ~/www/restrict/orient
-       cd ~/www/restrict/orient; git add $<
-       @echo "---------------------------"
-
-osx-gfortran: Orient-${V_osx}-osx-gfortran.tgz
-       cp -pf $< ~/www/restrict/orient
-       cd ~/www/restrict/orient; git add $<
-       @echo "---------------------------"
-
-osx-ng-gfortran: Orient-${V_osx}-osx-ng-gfortran.tgz
-       cp -pf $< ~/www/restrict/orient
-       cd ~/www/restrict/orient; git add $<
-       @echo "---------------------------"
-
-Orient-${V_x86-32}-x86-32-nagfor.tgz \
-    Orient-${V_x86-32}-x86-32-gfortran.tgz \
-    Orient-${V_x86-64_nag}-x86-64-nagfor.tgz \
-    Orient-${V_x86-64_nag}-x86-64-ng-nagfor.tgz \
-    Orient-${V_x86-64_gfortran}-x86-64-gfortran.tgz \
-    Orient-${V_x86-64_gfortran}-x86-64-ng-gfortran.tgz \
-    Orient-${V_x86-64_ifort}-x86-64-ifort.tgz \
-    Orient-${V_x86-64_ifort}-x86-64-ng-ifort.tgz \
-    Orient-${V_XP}-XP-nag.tgz \
-    Orient-${V_osx}-osx-gfortran.tgz \
-    Orient-${V_osx}-osx-ng-gfortran.tgz: \
-%.tgz: %.tar
-       gzip $<
-       mv $<.gz $@
-
-#  x86-32 binaries
-
-Orient-${V}-x86-32-nagfor.tar: ${BASE}/x86-32/nag/exe/orient Orient-${V} ${FRC}
-       ln -sf $< Orient-${V}/x86-32/nag/exe/orient-${V}
-       tar --create --verbose --dereference \
-            --file=$@ Orient-${V}/x86-32/nag/exe/orient-${V}
-       ln -sf ../x86-32/nag/exe/orient-${V}  Orient-current/bin/orient
-       cd Orient-current/x86-32/nagfor/exe; ln -sf orient-${V} orient
-       tar --append --verbose --file=$@ Orient-${V}/bin/orient ../x86-32/nag/exe/orient
-       rm Orient-${V}/bin/orient Orient-${V}/x86-32/nag/exe/*
-       chmod a+r $@
-
-Orient-${V}-x86-32-gfortran.tar: ${BASE}/x86-32/gfortran/exe/orient-${V} Orient-${V} ${FRC}
-       ln -sf $< Orient-${V}/x86-32/gfortran/exe/orient-${V}
-       tar --create --verbose --dereference \
-            --file=$@ Orient-${V}/x86-32/gfortran/exe/orient-${V}
-       ln -sf ../x86-32/gfortran/exe/orient-${V}  Orient-current/bin/orient
-       cd Orient-current/x86-32/gfortran/exe; ln -sf orient-${V} orient
-       tar --append --verbose --file=$@ Orient-${V}/bin/orient ../x86-32/gfortran/exe/orient
-       rm Orient-${V}/bin/orient Orient-${V}/x86-32/gfortran/exe/*
-       chmod a+r $@
-
-#  x86-64 binaries
-
-#  gfortran compiler
-Orient-${V}-x86-64-gfortran.tar: ${BASE}/x86-64/gfortran/exe/orient-${V} Orient-${V} ${FRC}
-       ln -sf $< Orient-${V}/x86-64/gfortran/exe/orient-${V}
-       tar --create --verbose --dereference \
-            --file=$@ Orient-${V}/x86-64/gfortran/exe/orient-${V}
-       ln -sf ../x86-64/gfortran/exe/orient-${V}  Orient-current/bin/orient
-       cd Orient-current/x86-64/gfortran/exe; ln -sf orient-${V} orient
-       tar --append --verbose --file=$@ Orient-${V}/bin/orient Orient-${V}/x86-64/gfortran/exe/orient
-       rm Orient-${V}/bin/orient Orient-${V}/x86-64/gfortran/exe/*
-       chmod a+r $@
-
-#  ifort compiler
-Orient-${V}-x86-64-ifort.tar: ${BASE}/x86-64/ifort/exe/orient-${V} Orient-${V} ${FRC}
-       ln -sf $< Orient-${V}/x86-64/ifort/exe/orient-${V}
-       tar --create --verbose --dereference \
-            --file=$@ Orient-${V}/x86-64/ifort/exe/orient-${V}
-       ln -sf ../x86-64/ifort/exe/orient-${V}  Orient-current/bin/orient
-       cd Orient-current/x86-64/ifort/exe; ln -sf orient-${V} orient
-       tar --append --verbose --file=$@ Orient-${V}/bin/orient Orient-${V}/x86-64/ifort/exe/orient
-       rm Orient-${V}/bin/orient Orient-${V}/x86-64/ifort/exe/*
-       chmod a+r $@
-
-#  nagfor compiler
-Orient-${V_x86-64_nag}-x86-64-nagfor.tar: ${BASE}/x86-64/nagfor/exe/orient-${V_x86-64_nag} Orient-${V_x86-64_nag} ${FRC}
-       ln -sf $< Orient-${V_x86-64_nag}/x86-64/nagfor/exe/orient-${V}
-       tar --create --verbose --dereference \
-            --file=$@ Orient-${V_x86-64_nag}/x86-64/nagfor/exe/orient-${V}
-       ln -sf ../x86-64/nagfor/exe/orient-${V_x86-64_nag} \
-            Orient-${V_x86-64_nag}/bin/orient
-       cd Orient-current/x86-64/nagfor/exe; ln -sf orient-${V_x86-64_nag} orient
-       tar --append --verbose \
-            --file=$@ Orient-${V_x86-64_nag}/bin/orient Orient-${V}/x86-64/nagfor/exe/orient
-       rm Orient-${V}/bin/orient Orient-${V}/x86-64/nagfor/exe/*
-       chmod a+r $@
-
-#  gfortran compiler, no graphics
-Orient-${V}-x86-64-ng-gfortran.tar: ${BASE}/x86-64/gfortran/exe/orient-${V}-ng Orient-${V} ${FRC}
-       ln -sf $< Orient-${V}/x86-64/gfortran/exe/orient-${V}-ng
-       tar --create --verbose --dereference \
-            --file=$@ Orient-${V}/x86-64/gfortran/exe/orient-${V}-ng
-       ln -sf ../x86-64/gfortran/exe/orient-${V}-ng  Orient-current/bin/orient
-       cd Orient-current/x86-64/gfortran/exe; ln -sf orient-${V}-ng orient
-       tar --append --verbose --file=$@ Orient-${V}/bin/orient Orient-${V}/x86-64/gfortran/exe/orient
-       rm Orient-${V}/bin/orient Orient-${V}/x86-64/gfortran/exe/*
-       chmod a+r $@
-
-#  ifort compiler, no graphics
-Orient-${V}-x86-64-ng-ifort.tar: ${BASE}/x86-64/ifort/exe/orient-${V}-ng Orient-${V} ${FRC}
-       ln -sf $< Orient-${V}/x86-64/ifort/exe/orient-${V}-ng
-       tar --create --verbose --dereference \
-            --file=$@ Orient-${V}/x86-64/ifort/exe/orient-${V}-ng
-       ln -sf ../x86-64/ifort/exe/orient-${V}-ng  Orient-current/bin/orient
-       cd Orient-current/x86-64/ifort/exe; ln -sf orient-${V}-ng orient
-       tar --append --verbose --file=$@ Orient-${V}/bin/orient Orient-${V}/x86-64/ifort/exe/orient
-       rm Orient-${V}/bin/orient Orient-${V}/x86-64/ifort/exe/*
-       chmod a+r $@
-
-#  nagfor compiler, no graphics
-Orient-${V_x86-64_nag}-x86-64-ng-nagfor.tar: ${BASE}/x86-64/nagfor/exe/orient-${V_x86-64_nag}-ng Orient-${V_x86-64_nag} ${FRC}
-       ln -sf $< Orient-${V_x86-64_nag}/x86-64/nagfor/exe/orient-${V}-ng
-       tar --create --verbose --dereference \
-            --file=$@ Orient-${V_x86-64_nag}/x86-64/nagfor/exe/orient-${V}-ng
-       ln -sf ../x86-64/nagfor/exe/orient-${V_x86-64_nag}-ng \
-            Orient-${V_x86-64_nag}/bin/orient
-       cd Orient-current/x86-64/nagfor/exe; ln -sf orient-${V_x86-64_nag}-ng orient
-       tar --append --verbose \
-            --file=$@ Orient-${V_x86-64_nag}/bin/orient Orient-${V}/x86-64/nagfor/exe/orient
-       rm Orient-${V}/bin/orient Orient-${V}/x86-64/nagfor/exe/*
-       chmod a+r $@
-
-#  Mac OS X binary, no graphics
-Orient-${V_osx}-osx-ng-gfortran.tar: ${BASE}/osx/gfortran/exe/orient-${V_osx}-ng Orient-${V_osx} ${FRC}
-       ln -sf $< Orient-${V_osx}/osx/gfortran/exe/orient-${V_osx}-ng
-       tar --create --verbose --dereference \
-               --file=$@ Orient-${V_osx}/osx/gfortran/exe/orient-${V_osx}-ng
-       ln -sf ../osx/gfortran/exe/orient-${V_osx}-ng  Orient-current/bin/orient
-       cd Orient-current/osx/gfortran/exe; ln -sf orient-${V_osx}-ng orient
-       tar --append --verbose --file=$@ Orient-${V_osx}/bin/orient Orient-${V}/osx/gfortran/exe/orient
-       rm Orient-current/bin/orient Orient-${V_osx}/osx/gfortran/exe/*
-       chmod a+r $@
-
-#  Mac OS X binary
-Orient-${V_osx}-osx-gfortran.tar: ${BASE}/osx/gfortran/exe/orient-${V_osx} Orient-${V_osx} ${FRC}
-       ln -sf $< Orient-${V_osx}/osx/gfortran/exe/orient-${V_osx}
-       tar --create --verbose --dereference \
-               --file=$@ Orient-${V_osx}/osx/gfortran/exe/orient-${V_osx}
-       ln -sf ../osx/gfortran/exe/orient-${V_osx}  Orient-current/bin/orient
-       cd Orient-current/osx/gfortran/exe; ln -sf orient-${V_osx} orient
-       tar --append --verbose --file=$@ Orient-${V_osx}/bin/orient Orient-${V}/osx/gfortran/exe/orient
-       rm Orient-current/bin/orient Orient-${V_osx}/osx/gfortran/exe/*
-       chmod a+r $@
-
-#  Windows XP binary (not maintained)
-
-Orient-${V_XP}-XP-nag.tar: ${BASE}/XP/nagfor/exe/orient-${V_XP}.exe Orient-${V_XP} ${FRC}
-       ln -sf $< Orient-${V_XP}/bin/orient.exe
-       tar --create --verbose --dereference \
-               --file=$@ Orient-${V_XP}/bin/orient.exe
-       rm Orient-current/bin/orient.exe
-       chmod a+r $@
-
-
-versions.inc: force
-       echo '<?php $$version=$Q$(V)$Q; $$XP_version=$Q$(V_XP)$Q; $$OSX_version=$Q$(V_osx)$Q; ?>' > versions.inc
-       cp -p versions.inc ~/www/restrict/orient/
-       ./release_notes.pl
-       touch download.php
-
-force:
-
-Orient-${V}:
-       [[ -h $@ ]] || ln -s Orient-current $@
-
-clean:
-       rm -r Orient-$V* *~
diff --git a/distrib/Notes b/distrib/Notes
deleted file mode 100644 (file)
index 5fcfd3a..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,61 +0,0 @@
-Preparing a new distribution:
-
-1. In ~/orient: 
-   svn status and check that files are added or deleted as
-   appropriate.
-
-2. svn commit
-
-3. svn copy https://svn.ch.cam.ac.uk/svn/users/ajs1/orient/trunk \
-            https://svn.ch.cam.ac.uk/svn/users/ajs1/orient/tags/4.8.nn
-
-4. In ~/orient/distrib:
-   Edit the top of the Makefile to set the version number V to 4.8.nn.
-
-5. make tarfile
-   This creates a symlink Orient-4.8.nn under distrib, pointing to
-   Orient-current, which contains symlinks to all the files needed for
-   the distribution, except the binaries. Make should make the
-   Orient-4.8.nn.tar.gz package containing the documentation and test
-   files. The tarfile is moved to the local copy of the website in
-   ~/www, but doesn't copy it to the web server.
-
-6. make source
-   This runs the new_version.pl script (in ~/orient/bin) with the -s
-   flag: 
-     ~/orient/bin/new_version.pl 4.8.nn -s
-   The -s flag includes the source files, so this makes the
-   Orient-4.8.nn-source.tar.gz package that contains the source files,
-   makefiles and skeleton executable directories, as well as the
-   documentation and test files.
-
-7. The available binaries are in directories ${ARCH}/${COMPILER}/exe
-   under the main orient directory, with filename orient-4.8.nn and
-   a link orient pointing to this file. The Makefile creates a link in
-   distrib/Orient-current/${ARCH}/${COMPILER}/exe pointing to this
-   file, and a link Orient-4.8.nn pointing to Orient-current. Then the
-   tarfile contains Orient-4.8.nn/${ARCH}/${COMPILER}/exe/orient,
-   dereferencing the links so that this is the binary, and also a link
-   Orient-4.8.nn/bin/orient pointing to it. The variable V_${NAME} in
-   the Makefile should be set to 4.8.nn, where nn is the most recent
-   binary version available for this platform. Run
-     make <binary>
-   where <binary> is x86-64-nag, x86-64-gfortran, XP-nag or osx-gfortran
-   to make the appropriate tarfile, or
-     make binaries
-   to make all of them.
-
-   Note that the links in Orient-4.8.nn/bin/orient and
-   distrib/Orient-current/${ARCH}/${COMPILER}/exe are removed after
-   the tarfile has been created. These directories should be left
-   empty so that they are included without any contents in the source
-   tarfile.
-
-8. make all
-   is equivalent to
-   make tarfile source binaries
-
-9. make update
-   Updates the web server to correspond to the local copy of the web
-   site. NOTE that no changes are made on the web server until this is
-   done.
diff --git a/distrib/Orient-current/INSTALL b/distrib/Orient-current/INSTALL
deleted file mode 120000 (symlink)
index 37675c7..0000000
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-../../INSTALL
\ No newline at end of file
diff --git a/distrib/Orient-current/Makefile b/distrib/Orient-current/Makefile
deleted file mode 100644 (file)
index aed6d63..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,186 +0,0 @@
-#  This Makefile is designed for use with Gnu Make, and probably won't
-#  work with the standard versions of Make.
-
-#  BASE is your main Orient program directory
-BASE     := ${shell pwd}
-#  If the above doesn't work, use something like this:
-#  BASE   := ${PWD}
-#  or
-#  BASE   := ${HOME}/Orient-${VERSION}
-
-#  Specify your machine architecture
-ARCH    := x86-64
-#  ARCH    := x86-32
-#  ARCH    := osx
-#  ARCH    := XP
-
-#  Select the default compiler.
-ifndef COMPILER
-COMPILER := gfortran
-#  COMPILER := nag
-#  COMPILER := ifort
-endif
-
-#  Use 
-#  make OPENGL=no
-#  to over-ride this, or change it here.
-OPENGL := yes
-
-#  See ${BASE}/${ARCH}/${COMPILER}/Flags for compiler options.
-#  Check the settings in this file
-include $(BASE)/${ARCH}/$(COMPILER)/Flags
-
-#  Use
-#    make DEBUG="-g"
-#  (for example) to make a version for debugging
-ifdef DEBUG
-  DIR := ${ARCH}/$(COMPILER)/debug
-  FFLAGS := ${FFLAGS} ${DEBUG}
-else
-  DIR := ${ARCH}/$(COMPILER)/exe
-endif
-
-#  Choose where you want to put the installed binary. The normal make
-#  leaves a a link to the binary from ${BASE}/bin anyway. 
-PREFIX  := /usr/local
-INSTALL_DIR := ${PREFIX}/bin
-
-RECIPES = /usr/local/numerical-recipes/recipes_f/recipes/
-
-#  It shouldn't be necessary to change anything below this line
-#--------------------------------------------------------------
-
-.SUFFIXES:
-
-SRC := ${BASE}/src
-
-vpath %.f      ${SRC}
-vpath %.f90    ${SRC}
-vpath %.F90    ${SRC}
-vpath %.strip  ${SRC}
-vpath %.x90    ${SRC}
-
-include $(BASE)/${ARCH}/$(COMPILER)/Flags
-
-include ${BASE}/VERSION
-DATE   :=$(shell date '+%d %b %Y')
-
-.SUFFIXES:
-include ${SRC}/Object-list
-include ${SRC}/Module-list
-
-
-MODULES := ${subst .F90,.o,${subst .f90,.o,${MODULESRC}}}
-OBJECTS := ${subst .F90,.o,${subst .f,.o,${subst .f90,.o,${SOURCEFILES}}}}
-
-ifeq "${strip ${OPENGL}}" "yes"
-  GLMOD = f03gl_gl.o f03gl_glu.o f03gl_glut.o \
-          marching_cubes.o gl_module.o display.o
-  IGNORE := --ignore f03gl_kinds
-else
-  IGNORE := --ignore display
-  NG := -ng
-endif
-
-
-orient:
-       cd ${BASE}/${DIR}; ${MAKE} -f ${BASE}/Makefile orient-${VERSION}.${PATCHLEVEL}${NG} BASE=${BASE}
-       cd ${BASE}/${DIR}; ln -sf orient-${VERSION}.${PATCHLEVEL}${NG} orient
-       ln -sf ${BASE}/${DIR}/orient ${BASE}/bin
-
-orient-${VERSION}.${PATCHLEVEL}${NG}: modules objects
-       @echo PWD = ${PWD}
-       ${FC} -o orient-${VERSION}.${PATCHLEVEL}${NG} ${LIBRARIES} \
-            ${LDFLAGS} ${MODULES} ${OBJECTS} ${GLMOD} ${LIBS}
-
-modules: ${MODULES} ${GLMOD}
-
-objects: modules ${OBJECTS}
-
-#  To run tests, use
-#  make tests [TESTS="tests to run"] [ARGS=--force]
-#  Default is to run all tests, except that tests already done
-#  successfully are not repeated unless FRC=--force is specified.
-test tests: force
-       cd tests; ./run_tests.py ${ARGS} ${TEST} ${TESTS}
-#      cd tests; rm -f test.log; ${MAKE} BASE=${BASE} ARCH=${ARCH} \
-#            COMPILER=${COMPILER} DEBUG="${DEBUG}" \
-#            TEST="${TESTS}${TEST}" FRC=${FRC}
-
-install: ${INSTALL_DIR}/orient
-
-${INSTALL_DIR}/orient: ${BASE}/${DIR}/orient
-       cp -p ${BASE}/${DIR}/orient ${INSTALL_DIR}
-
-clean:
-       cd ${DIR}; rm *.mod *.o
-
-clean_tests:
-       cd tests; ${MAKE} cleanup TEST="${TEST}${TESTS}"
-
-force:
-
-patch: src/recipes.f90 src/virial_module.F90 src/md.F90 src/histograms.f90
-
-src/virial_module.F90 src/md.F90: src/%.F90: src/%.strip
-       cd ${SRC}; ${BASE}/bin/patch_recipes.pl --recipes ${RECIPES} $@
-
-src/histograms.f90: src/%.f90: src/%.strip
-       cd ${SRC}; ${BASE}/bin/patch_recipes.pl --recipes ${RECIPES} $@
-
-src/recipes.f90:
-       cd ${SRC}; ${BASE}/bin/patch_recipes.pl --recipes ${RECIPES} $@
-
-%.o: %.F90
-       $(FC) $(FFLAGS) $(DEFS) -c $< -o $@
-
-%.o: %.f90
-       $(FC) $(FFLAGS) -c $< -o $@
-
-%.o: %.f
-       $(FC) $(FFLAGS) -c $< -o $@
-
-%.mod: %.f90
-       $(FC) $(FFLAGS) -c $<
-
-%.mod: %.F90
-       $(FC) $(FFLAGS) -c $<
-
-include ${BASE}/src/Dependencies
-
-ifeq "${OPENGL}" "yes"
-orient.o: display.mod
-orient.o: orient.F90 force
-       ${FC} ${FFLAGS} -DOGL -c $< -o $@
-else
-orient.o: orient.F90 force
-       ${FC} ${FFLAGS} -c $< -o $@
-endif
-
-#  Special cases:
-version.mod: %.mod: %.x90 force
-       perl -p -e "if ( /version/i ) {s/VERSION/${VERSION}.${PATCHLEVEL}/}" \
-            -e "if (/build/i) {s/DATE/${DATE}/}" $< > ${BASE}/src/$*.f90
-       perl -i -p -e "s/DATE.*/DATE       := $(DATE)/" ${BASE}/VERSION
-       $(FC) $(FFLAGS2) $(DEFS) -c ${BASE}/src/version.f90
-       @echo "Orient ${VERSION}  ${DATE}" 
-
-virial_module.F90 md.F90: %.F90: %.strip
-       cd ${SRC}; ${BASE}/bin/patch_recipes.pl --recipes ${RECIPES} $@
-
-histograms.f90: %.f90: %.strip
-       cd ${SRC}; ${BASE}/bin/patch_recipes.pl --recipes ${RECIPES} $@
-
-recipes.f90:
-       cd ${SRC}; ${BASE}/bin/patch_recipes.pl --recipes ${RECIPES} $@
-
-%.o: %.F90
-       $(FC) $(FFLAGS) $(DEFS) -c $< -o $@
-
-%.o: %.f90
-       $(FC) $(FFLAGS) -c $< -o $@
-
-%.o: %.f
-       $(FC) $(FFLAGS) -c $< -o $@
-
-patch: recipes.f90 virial_module.F90 md.F90 histograms.f90
diff --git a/distrib/Orient-current/NOTICE b/distrib/Orient-current/NOTICE
deleted file mode 120000 (symlink)
index fb376cf..0000000
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-../../NOTICE
\ No newline at end of file
diff --git a/distrib/Orient-current/README b/distrib/Orient-current/README
deleted file mode 120000 (symlink)
index 3830a41..0000000
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-../../README
\ No newline at end of file
diff --git a/distrib/Orient-current/Release_notes b/distrib/Orient-current/Release_notes
deleted file mode 120000 (symlink)
index 17f3849..0000000
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-../../Release_notes
\ No newline at end of file
diff --git a/distrib/Orient-current/VERSION b/distrib/Orient-current/VERSION
deleted file mode 120000 (symlink)
index 558194c..0000000
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-../../VERSION
\ No newline at end of file
diff --git a/distrib/Orient-current/doc/Manual.pdf b/distrib/Orient-current/doc/Manual.pdf
deleted file mode 120000 (symlink)
index 1c156ef..0000000
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-../../../doc/Manual.pdf
\ No newline at end of file
diff --git a/distrib/Orient-current/osx/gfortran/Flags b/distrib/Orient-current/osx/gfortran/Flags
deleted file mode 100644 (file)
index 606c9b7..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,17 +0,0 @@
-#  gfortran compiler
-
-FC          := gfortran
-
-#  The system libraries for Lapack and Blas
-ATLAS    := -Wl,-framework,Accelerate
-
-ifeq "${OPENGL}" "yes"
-  # the system libraries for OpenGL, including GLUT, GLU and OpenGL
-  OGLLIB := -Wl,-framework,OpenGL -Wl,-framework,GLUT
-endif
-
-FFLAGS    := $(DEBUG) -DF2003 -DOSX
-# -Wunused-module-vars -Wunused-vars -Wunset-vars -Wunused-label
-
-LDFLAGS := ${ATLAS} ${OGLLIB}
-
diff --git a/distrib/Orient-current/src b/distrib/Orient-current/src
deleted file mode 120000 (symlink)
index 929cb3d..0000000
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-../../src
\ No newline at end of file
diff --git a/distrib/Orient-current/tests/H2CO..HF b/distrib/Orient-current/tests/H2CO..HF
deleted file mode 120000 (symlink)
index fe505c4..0000000
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-../../../tests/H2CO..HF
\ No newline at end of file
diff --git a/distrib/Orient-current/tests/H2O..H2O b/distrib/Orient-current/tests/H2O..H2O
deleted file mode 120000 (symlink)
index 7c6c0d5..0000000
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-../../../tests/H2O..H2O
\ No newline at end of file
diff --git a/distrib/Orient-current/tests/HF..HF b/distrib/Orient-current/tests/HF..HF
deleted file mode 120000 (symlink)
index f17fa3f..0000000
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-../../../tests/HF..HF
\ No newline at end of file
diff --git a/distrib/Orient-current/tests/MC b/distrib/Orient-current/tests/MC
deleted file mode 120000 (symlink)
index d27af2b..0000000
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-../../../tests/MC
\ No newline at end of file
diff --git a/distrib/Orient-current/tests/MD b/distrib/Orient-current/tests/MD
deleted file mode 120000 (symlink)
index ed8c407..0000000
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-../../../tests/MD
\ No newline at end of file
diff --git a/distrib/Orient-current/tests/NaCl..w2 b/distrib/Orient-current/tests/NaCl..w2
deleted file mode 120000 (symlink)
index f1dad7d..0000000
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-../../../tests/NaCl..w2
\ No newline at end of file
diff --git a/distrib/Orient-current/tests/README b/distrib/Orient-current/tests/README
deleted file mode 120000 (symlink)
index 0c98676..0000000
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-../../../tests/README
\ No newline at end of file
diff --git a/distrib/Orient-current/tests/analyse6dipoles b/distrib/Orient-current/tests/analyse6dipoles
deleted file mode 120000 (symlink)
index ce45d33..0000000
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-../../../tests/analyse6dipoles
\ No newline at end of file
diff --git a/distrib/Orient-current/tests/basinhop b/distrib/Orient-current/tests/basinhop
deleted file mode 120000 (symlink)
index 4de7098..0000000
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-../../../tests/basinhop
\ No newline at end of file
diff --git a/distrib/Orient-current/tests/dielectric b/distrib/Orient-current/tests/dielectric
deleted file mode 120000 (symlink)
index 6488efb..0000000
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-../../../tests/dielectric
\ No newline at end of file
diff --git a/distrib/Orient-current/tests/fit_CH4 b/distrib/Orient-current/tests/fit_CH4
deleted file mode 120000 (symlink)
index aea9f1c..0000000
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-../../../tests/fit_CH4
\ No newline at end of file
diff --git a/distrib/Orient-current/tests/formamide b/distrib/Orient-current/tests/formamide
deleted file mode 120000 (symlink)
index 5b9140d..0000000
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-../../../tests/formamide
\ No newline at end of file
diff --git a/distrib/Orient-current/tests/orient_tests.py b/distrib/Orient-current/tests/orient_tests.py
deleted file mode 120000 (symlink)
index 71f0515..0000000
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-../../../tests/orient_tests.py
\ No newline at end of file
diff --git a/distrib/Orient-current/tests/urea_nanocrystal b/distrib/Orient-current/tests/urea_nanocrystal
deleted file mode 120000 (symlink)
index fbb6796..0000000
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-../../../tests/urea_nanocrystal
\ No newline at end of file
diff --git a/distrib/Orient-current/tests/virialcoeff b/distrib/Orient-current/tests/virialcoeff
deleted file mode 120000 (symlink)
index 5d22c3f..0000000
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-../../../tests/virialcoeff
\ No newline at end of file
diff --git a/distrib/Orient-current/tests/water_hexamer b/distrib/Orient-current/tests/water_hexamer
deleted file mode 120000 (symlink)
index dd4f1b8..0000000
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-../../../tests/water_hexamer
\ No newline at end of file
diff --git a/distrib/Orient-current/x86-64/gfortran/Flags b/distrib/Orient-current/x86-64/gfortran/Flags
deleted file mode 100644 (file)
index ba31a31..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,29 +0,0 @@
-#  gfortran compiler
-
-FC          := gfortran
-FFLAGS      := $(DEBUG) -DF2003
-
-
-#  Specify the directories containing the Lapack and Blas libraries.
-#  The ATLAS (Automatically Tuned Linear Algebra Software) library is
-#  recommended.
-LIBDIR := -L/home/ajs1/ATLAS/lib
-LIBS        := -llapack -lf77blas -lcblas -latlas
-
-# The directory containing the X11 libraries
-X11LIBDIR  := -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu
-# The X11 libraries
-X11LIB     := -lXext -lX11 -lm
-
-ifeq "${OPENGL}" "yes"
-  # Specify the directories containing the OpenGL libraries
-  OGLLIBDIR  := -L/usr/lib/nvidia-331-updates
-  # libraries for OpenGL, including GLUT, GLU and OpenGL
-  OGLLIB := -lglut -lGL -lGLU
-  FFLAGS := ${FFLAGS} -DOPENGL
-endif
-
-
-LDFLAGS  := $(DEBUG)
-LIBRARIES := ${OGLLIBDIR} ${X11LIBDIR} ${LIBDIR} ${LIBRARIES}
-LIBS      := ${LIBS} -lpthread -lc -lgfortran ${OGLLIB} ${X11LIB}
diff --git a/distrib/Orient-current/x86-64/ifort/Flags b/distrib/Orient-current/x86-64/ifort/Flags
deleted file mode 100644 (file)
index 3bbfec0..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,32 +0,0 @@
-#  Intel ifort compiler
-
-FC      := ifort
-FFLAGS      := $(DEBUG) -DF2003
-
-
-#  Specify the directories containing the Lapack and Blas libraries.
-#  The ATLAS (Automatically Tuned Linear Algebra Software) library is
-#  recommended.
-LIBDIR := -L/home/ajs1/ATLAS/lib
-LIBS        := -llapack -lf77blas -lcblas -latlas
-
-#  The directory containing the X11 libraries
-X11LIBDIR  := -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu
-# The X11 libraries
-X11LIB     := -lXext -lX11 -lm
-
-ifeq "${OPENGL}" "yes"
-  # Specify the directories containing the OpenGL libraries
-  OGLLIBDIR  := -L/usr/lib/opengl
-  # libraries for OpenGL, including GLUT, GLU and OpenGL
-  OGLLIB := -lglut -lGL -lGLU
-  FFLAGS := ${FFLAGS} -DOPENGL
-else
-  OGLLIBDIR  :=
-  OGLLIB :=
-endif
-
-
-LDFLAGS  := $(DEBUG) -static-libgcc
-LIBRARIES := ${OGLLIBDIR} ${X11LIBDIR} ${LIBDIR} ${LIBRARIES}
-LIBS      := ${LIBS} -lpthread -lc ${OGLLIB} ${X11LIB}
diff --git a/distrib/Orient-current/x86-64/nagfor/Flags b/distrib/Orient-current/x86-64/nagfor/Flags
deleted file mode 100644 (file)
index 293a5ba..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,29 +0,0 @@
-#  Nag compiler, version 5.2
-
-FC     := nagfor
-FFLAGS      := $(DEBUG) -w -DF2003 -DNAGF95
-
-
-#  Specify the directories containing the Lapack and Blas libraries.
-#  The ATLAS (Automatically Tuned Linear Algebra Software) library is
-#  recommended.
-LIBDIR := -L/home/ajs1/ATLAS/lib
-LIBS        := -llapack -lf77blas -lcblas -latlas
-
-# The directory containing the X11 libraries
-X11LIBDIR  := -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu
-# The X11 libraries
-X11LIB     := -lXext -lX11 -lm
-
-ifeq "${OPENGL}" "yes"
-  # Specify the directories containing the OpenGL libraries
-  OGLLIBDIR  := -L/usr/lib/opengl
-  # libraries for OpenGL, including GLUT, GLU and OpenGL
-  OGLLIB := -lglut -lGL -lGLU
-  FFLAGS := ${FFLAGS} -DOPENGL
-endif
-
-
-LDFLAGS  := $(DEBUG)
-LIBRARIES := ${OGLLIBDIR} ${X11LIBDIR} ${LIBDIR}
-LIBS      := ${LIBS} -lpthread -lc -lgfortran ${OGLLIB} ${X11LIB}
diff --git a/distrib/Orient-current/x86-64/pgf90/Flags b/distrib/Orient-current/x86-64/pgf90/Flags
deleted file mode 100644 (file)
index 0b17ae2..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,33 +0,0 @@
-#  PGF90 compiler
-
-FC        := pgf90
-FFLAGS      := -fastsse $(DEBUG) -DF2003
-
-
-ifeq "${ATLAS}" "yes"
-  #  If you have the ATLAS (Automatically Tuned Linear Algebra Software)
-  #  specify the directories containing the Lapack and Blas libraries
-  ATLASLIBDIR := -L/home/ajs1/ATLAS/ATLAS_x86_64/lib
-#  ATLASLIBDIR := -L/usr/lib/atlas-base/atlas
-  LIBS        := -llapack.a -lf77blas.a -lcblas.a -latlas.a
-else
-  LIBRARIES   := -L/usr/lib
-  LIBS        := -lblas
-endif
-
-# The directory containing the X11 libraries
-X11LIBDIR  := -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu
-# The X11 libraries
-X11LIB     := -lXext -lX11 -lm
-
-ifeq "${OPENGL}" "yes"
-  # Specify the directories containing the OpenGL libraries
-  OGLLIBDIR  := -L/usr/lib/opengl
-  # libraries for OpenGL, including GLUT, GLU and OpenGL
-  OGLLIB := -lglut -lGL -lGLU
-  FFLAGS := ${FFLAGS} -DOPENGL
-endif
-
-LDFLAGS   := ${DEBUG}
-LIBRARIES := ${OGLLIBDIR} ${X11LIBDIR} ${ATLASLIBDIR} ${LIBRARIES}
-LIBS      := ${LIBS} -lpthread -lc ${OGLLIB} ${X11LIB}
diff --git a/distrib/Windows_notes.php b/distrib/Windows_notes.php
deleted file mode 100644 (file)
index e5b077b..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,138 +0,0 @@
-<!DOCTYPE html PUBLIC
-"-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN"
-"http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
-<html>
-  <head>
-    <link rel="stylesheet" type="text/css"
-      href="http://www-stone.ch.cam.ac.uk/newstyle.css" />
-    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
-      charset=iso-8859-1" />
-    <title>Notes on using the Windows version of Orient</title>
-  </head>
-
-  <body>
-<?
-  include "versions.inc"
- ?>
-    <h1>Notes on using the Windows version of Orient</h1>
-
-<p>The Windows zip file contains only the executable program
-orient.exe. Unzip it and move the executable to a suitable place. If
-you don't wish to run the test files you should be able to run the
-program using the command prompt. Input is taken from standard input
-and the main program output goes to standard output. However the
-program often produces other files in addition to the standard output,
-and these will be placed in the current directory. In order to avoid
-confusion it is best to run every calculation in a separate directory.</p>
-
-<p>
-The current version of orient.exe includes the graphical display
-routines, but they need the glut32.dll library which should be
-obtained from www.dll-files.com/dllindex/dll-files.shtml?glut32.
-glut32.dll needs to be installed in a standard library folder where
-orient.exe can find it. This appears to be unnecessary if orient is
-run under Cygwin (see below).
-</p>
-
-<p>
-The program has been tested under Windows XP. It is not guaranteed to
-run under earlier versions of Windows. I would be glad to have
-information about versions under which it does or doesn't run.
-</p>
-
-<p>
-If you wish to run the test calculations, the procedure is a little
-more complicated, and will probably need to be carried out under a
-Unix-like environment such as Cygwin. The following instructions are
-for Cygwin, and have been found to work satisfactorily.
-</p>
-
-<ul>
-<li>
-  If you don't have Cygwin installed already, go to
-  http://www.cygwin.com/ and download the Cygwin setup.exe
-  application. This is just a small application that organises the
-  Cygwin setup. Run it to install Cygwin itself. You will need to
-  select, in addition to the basic Cygwin items, the tcsh shell and
-  make, perl, gzip and tar, and you will probably want one of the text
-  editors such as xemacs. You will also need the X Windows utilities
-  (X11 section in the Cygwin setup list) if you want to use programs
-  such as xemacs that depend on X, but you
-  don't need X for Orient, which uses the standard Windows graphical
-  display libraries.
-
-  You can run setup.exe again at any time if you find you need further
-  utilities or applications. (But not while Cygwin is running; I have
-  found that this may break Cygwin to the point where it is necessary
-  to uninstall it and start all over again.)
-</li>
-<li>
-  The installation process will leave a Cygwin shortcut on
-  your desktop. Double-click this to open a shell window. You will be
-  in your home directory under Cygwin -- if you accept the
-  installation defaults this will be C:\cygwin\home\&lt;user&gt;, but
-  within Cygwin it is referred to in Unix style as /home/&lt;user&gt;
-  (where &lt;user&gt; is your Windows user-name).
-</li>
-<li>
-  Download the Orient package of documentation and test files, and put
-  it in your Cygwin home directory. Run the commands
-  <pre>
-  tar xzf Orient-<?= $XP_version ?>.tgz
-  </pre>
-  This should produce a new directory, Orient-<?= $XP_version ?>, containing the
-  documentation and test files. Change to this directory. Move (or
-  copy) the orient.exe executable into the bin subdirectory, and
-  rename it as orient:
-  <pre>
-  mv .../orient.exe bin/orient
-  </pre>
-  where ".../orient.exe" is the full path describing wherever you
-  initially put the executable.
-</li>
-<li>
-  Finally, to run the tests,
-  <pre>
-  make test
-  </pre>
-  Some tests take quite a long time to run, and are not included in this
-    standard test. If you want to include them, use
-  <pre>
-  make test TEST=ALL
-  </pre>
-  Any tests successfully completed are not repeated, but can be forced by using
-  <pre>
-  make test TEST=name FRC=force
-  </pre>
-
-</li>
-<li>
-  With this setup, the easiest way to run your own calculations is to
-  construct a data file in a new directory, and run the command
-  <pre>
-  ~/Orient<?= $XP_version ?>/bin/orient &lt; data &gt; output
-  </pre>
-</li>
-</ul>
-
-<p>
-If any of this isn't clear, or if any of the tests fail, let me know.
-</p>
-
-    <hr />
-<table>
-<tr>
-<td>
-    <address>Anthony Stone &lt;ajs1 at cam.ac.uk&gt;</address>
-<!-- Created: Sun Oct 30 11:55:12 GMT 2005 -->
-Last modified: <?php echo date("H:i D d M Y", filemtime("Windows_notes.php")) ?>
-</td>
-<td width="120" align="right">
-  <a href="http://validator.w3.org/check?uri=referer"><img
-        src="../../images/valid-xhtml10.png"
-        alt="Valid XHTML 1.0 Transitional" height="31" width="88" /></a>
-</td>
-</tr>
-</table>
-  </body>
-</html>
diff --git a/distrib/check_source_list.py b/distrib/check_source_list.py
deleted file mode 100755 (executable)
index 0351283..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,70 +0,0 @@
-#!/usr/bin/python
-#  -*-  coding  iso-8859-1  -*-
-
-"""Check consistency of source-files, compile.sh and trunk/src.
-"""
-
-import argparse
-import re
-import os
-# import string
-# import subprocess
-
-parser = argparse.ArgumentParser(
-formatter_class=argparse.RawDescriptionHelpFormatter,
-description="""Check consistency of source-files, compile.sh and trunk/src.
-""")
-
-
-# parser.add_argument("req", help="Positional argument")
-# parser.add_argument("--flag", help="option flag")
-
-args = parser.parse_args()
-
-sf = []
-with open("source-files") as SF:
-  for line in SF:
-    line = re.sub(r'\n', '', line)
-    sf.append(line)
-
-cmp = []
-with open("Orient-current/bin/compile.sh") as CMP:
-  for line in CMP:
-    m = re.search(r'(\w+\.[fF](90)?)', line)
-    if m:
-      file = m.group(1)
-      cmp.append(file)
-
-src = os.listdir("../src")
-# for name in src[:]:
-#   if not re.search(r'\.[fF](90)?$', name):
-#     src.remove(name)
-
-print "\nIn src but not in source-files:"
-for name in src:
-  if name not in sf:
-    print name
-print "\nIn src but not in compile.sh:"
-for name in src:
-  if name not in cmp:
-    print name
-
-print "\nIn compile.sh but not in source-files:"
-for name in cmp:
-  if name not in sf:
-    print name
-
-print "\nIn compile.sh but not in src:"
-for name in cmp:
-  if name not in src:
-    print "{} is in compile.sh but not in src".format(name)
-
-print "\nIn source-files but not in compile.sh:"
-for name in sf:
-  if name not in cmp:
-    print name
-print "\nIn source-files but not in src:"
-for name in sf:
-  if name not in src:
-    print name
-
diff --git a/distrib/download.php b/distrib/download.php
deleted file mode 100644 (file)
index 9a52779..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,148 +0,0 @@
-<!DOCTYPE html PUBLIC
-"-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN"
-"http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
-<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">
-<head>
-<link rel="stylesheet" type="text/css"
-  href="http://www-stone.ch.cam.ac.uk/newstyle.css" />
-<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />
-    <title>Orient 4 download</title>
-  </head>
-  <body>
-    <h1>Orient 4 download</h1>
-<?php
-  include "versions.inc"
-?>
-
-<p>The current version is <?= $version ?>.
-The graphical display features in versions 4.8 and later require a Fortran 2003 compiler (see
-<a href="http://www-stone.ch.cam.ac.uk/pub/f03gl/compilers.xhtml">these details</a> of
-some possible compilers)
-but it can be compiled without these features using a Fortran95 compiler.
-See the <a href="Release_notes.shtml">release notes</a> for details of recent changes.
-</p>
-
-<ul>
-  <li>
-    <?php echo "<a href=\"Orient-$version-base.tgz\">" ?>
-    Orient <?= $version ?> base package</a>, including documentation and test files.
-    Last updated <?php echo date("H:i D d M Y", filemtime("Orient-$version-base.tgz")) ?>
-  </li>
-  <li>
-    <?php echo "<a href=\"Orient-$version-source.tgz\">" ?>
-    Orient <?= $version ?> source files</a>
-    Last updated <?php echo date("H:i D d M Y", filemtime("Orient-$version-source.tgz")) ?><br />
-  </li>
-  <li>
-    <?php echo "<a href=\"Orient-$version-x86-64-gfortran.tgz\">" ?>
-    Orient <?= $version ?> executable for Linux x86-64</a> (gfortran compiler)
-    Last updated <?php echo date("H:i D d M Y", filemtime("Orient-$version-x86-64-gfortran.tgz")) ?>
-  </li>
-  <li>
-    <?php echo "<a href=\"Orient-$version-x86-64-ifort.tgz\">" ?>
-    Orient <?= $version ?> executable for Linux x86-64</a> (ifort compiler)
-    Last updated <?php echo date("H:i D d M Y", filemtime("Orient-$version-x86-64-ifort.tgz")) ?>
-  </li>
-  <li>
-    <?php echo "<a href=\"Orient-$version-x86-64-nagfor.tgz\">" ?>
-    Orient <?= $version ?> executable for Linux x86-64</a> (nagfor compiler)
-    Last updated <?php echo date("H:i D d M Y", filemtime("Orient-$version-x86-64-nagfor.tgz")) ?>
-  </li>
-<!--
-  <li>
-    <?php echo "<a href=\"Orient-$XP_version-XP-nag.tgz\">" ?>
-    Orient <?= $XP_version ?> executable for Windows XP with Cygwin</a>
-    Last updated <?php echo date("H:i D d M Y", filemtime("Orient-$XP_version-XP-nag.tgz")) ?><br />
-    (See <a href="Windows_notes.php">notes on using the Windows version</a>.)
-  </li>
--->
-  <li>
-    <?php echo "<a href=\"Orient-$OSX_version-osx-gfortran.tgz\">" ?>
-    Orient <?= $OSX_version ?> executable for Mac OS X (intel processor)</a>
-    Last updated <?php echo date("H:i D d M Y", filemtime("Orient-$OSX_version-osx-gfortran.tgz")) ?><br />
-  </li>
-</ul>
-
-The following binaries were compiled without the graphics routines and
-do not require the OpenGL libraries:
-<ul>
-  <li>
-    <?php echo "<a href=\"Orient-$version-x86-64-ng-gfortran.tgz\">" ?>
-    Orient <?= $version ?> executable for Linux x86-64</a> (gfortran
-    compiler, no graphics)
-    Last updated <?php echo date("H:i D d M Y", filemtime("Orient-$version-x86-64-ng-gfortran.tgz")) ?>
-  </li>
-  <li>
-    <?php echo "<a href=\"Orient-$version-x86-64-ng-ifort.tgz\">" ?>
-    Orient <?= $version ?> executable for Linux x86-64</a> (ifort compiler, no graphics)
-    Last updated <?php echo date("H:i D d M Y", filemtime("Orient-$version-x86-64-ng-ifort.tgz")) ?>
-  </li>
-  <li>
-    <?php echo "<a href=\"Orient-$version-x86-64-ng-nagfor.tgz\">" ?>
-    Orient <?= $version ?> executable for Linux x86-64</a> (nagfor compiler, no graphics)
-    Last updated <?php echo date("H:i D d M Y", filemtime("Orient-$version-x86-64-ng-nagfor.tgz")) ?>
-  </li>
-  <li>
-    <?php echo "<a href=\"Orient-$OSX_version-osx-ng-gfortran.tgz\">" ?>
-    Orient <?= $OSX_version ?> executable for Mac OS X (intel processor, no graphics)</a>
-    Last updated <?php echo date("H:i D d M Y", filemtime("Orient-$OSX_version-osx-ng-gfortran.tgz")) ?><br />
-  </li>
-</ul>
-
-<h2>Installation:</h2>
-
-<ol>
-<li>Download the base package, put it in a suitable directory and run
-the command
-<div class="cmnd">tar xzf Orient-<?= $version ?>-base.tgz</div>
-The package will be unpacked into a directory Orient-<?= $version ?>,
-which will be created if necessary.</li>
-
-<li>Download an executable package for your machine architecture, put it
-in the same directory as before, and run the command
-<div class="cmnd">
-   tar xzf Orient-<?= $version ?>-&lt;arch&gt;-&lt;compiler&gt;.tgz</div>
-If you need to use an out-of-date binary, use the appropriate version
-number in this command. The binary package will unpack into a sub-directory
-of Orient-<?= $version ?>, with a symbolic link from Orient-<?= $version ?>/bin.
-Read the <a href="Release_notes.shtml">release notes</a> to see whether there are important
-changes in the latest version that may be relevant to your use of the
-program.
-</li>
-
-<li>You will probably need to set the environment variable
-  LD_LIBRARY_PATH to include the directories containing the OpenGL
-  libraries libGL, libGLU and libglut.</li>
-
-<li>See the program manual in Orient-<?= $version ?>/doc/Manual.pdf
-for full usage instructions.</li>
-
-<li>If you wish to install from source, download and unpack the source
-package and consult the INSTALL file in that package for further details.</li>
-
-</ol>
-<p>
-Please notify me of any bugs that you find. Suggestions for fixing
-bugs would be particularly welcome. If you make changes to the source
-code that you feel would be generally useful, and you are willing to
-make them available to others, please forward them to me, and I will
-consider incorporating them, with due acknowledgement, in the
-next release.</p>
-
-<hr />
-<table>
-<tr>
-<td>
-    <address>Anthony Stone &lt;ajs1 at cam.ac.uk&gt;</address>
-<!-- Created: Tue Feb 10 09:59:57 GMT 2004 -->
-Last modified: <?php echo date("H:i D d M Y", filemtime("download.php")) ?>
-</td>
-<td width="120" align="right">
-  <a href="http://validator.w3.org/check?uri=referer"><img
-        src="../../images/valid-xhtml10.png"
-        alt="Valid XHTML 1.0 Transitional" height="31" width="88" /></a>
-</td>
-</tr>
-</table>
-</body>
-</html>
diff --git a/distrib/other.files b/distrib/other.files
deleted file mode 100644 (file)
index 325fde1..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,30 +0,0 @@
-Orient-4.6.00/Makefile
-Orient-4.6.00/INSTALL
-Orient-4.6.00/README
-Orient-4.6.00/NOTICE
-Orient-4.6.00/VERSION
-Orient-4.6.00/doc/manual_p.pdf
-Orient-4.6.00/doc/manual_s.pdf
-Orient-4.6.00/tests/Makefile
-Orient-4.6.00/tests/run.test
-Orient-4.6.00/tests/run2
-Orient-4.6.00/tests/cpdump.pl
-Orient-4.6.00/tests/cpfreq.pl
-Orient-4.6.00/tests/cplines.pl
-Orient-4.6.00/tests/cpout.pl
-Orient-4.6.00/tests/cpxyz.pl
-Orient-4.6.00/tests/check.sh
-Orient-4.6.00/tests/clean
-Orient-4.6.00/tests/HF..HF
-Orient-4.6.00/tests/formamide
-Orient-4.6.00/tests/H2CO..HF
-Orient-4.6.00/tests/H2O..H2O
-Orient-4.6.00/tests/water_hexamer
-Orient-4.6.00/tests/fit_CH4
-Orient-4.6.00/tests/analyse6dipoles
-Orient-4.6.00/tests/virialcoeff
-Orient-4.6.00/tests/dielectric
-Orient-4.6.00/tests/MC
-Orient-4.6.00/tests/MD
-Orient-4.6.00/tests/NaCl..w2
-Orient-4.6.00/tests/urea_nanocrystal
diff --git a/distrib/prefix_src.py b/distrib/prefix_src.py
deleted file mode 100755 (executable)
index ddd1988..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,36 +0,0 @@
-#!/usr/bin/python
-#  -*-  coding  iso-8859-1  -*-
-
-"""Add the path prefix to the list of source-file names.
-"""
-
-import argparse
-import re
-import os.path
-# import string
-# import subprocess
-
-parser = argparse.ArgumentParser(
-formatter_class=argparse.RawDescriptionHelpFormatter,
-description="""Add the path prefix to the list of source-file names.
-""")
-
-parser.add_argument("list", help="Source file list (without path prefix)")
-parser.add_argument("--version", "-v", help="Version number (n.n.nn)",
-                    required=True)
-parser.add_argument("--to", "-o", help="Output list with prefix")
-
-args = parser.parse_args()
-
-if re.search(r'\d\.\d\.\d\d$', args.version):
-  path = os.path.join("Orient-{}".format(args.version),"src")
-else:
-  print "Version number should have the form n.n.nn"
-  exit(1)
-
-with open(args.list) as IN, open(args.to,"w") as OUT:
-  for line in IN:
-    if re.match(r' *!', line):
-      pass
-    else:
-      OUT.write(os.path.join(path,line))
diff --git a/distrib/release_notes.py b/distrib/release_notes.py
deleted file mode 100755 (executable)
index e5914ec..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,65 +0,0 @@
-#!/usr/bin/python
-#  -*-  coding  iso-8859-1  -*-
-
-"""Convert the text file orient/trunk/Release_notes to shtml in www/restrict/orient4.
-"""
-
-import argparse
-import re
-# import os.path
-# import string
-# import subprocess
-import sys
-
-parser = argparse.ArgumentParser(
-formatter_class=argparse.RawDescriptionHelpFormatter,
-description="""Convert the text file orient/trunk/Release_notes to shtml in www/restrict/orient4.
-""")
-
-
-parser.add_argument("--version", help="Major version  number, default 4.9", default="4.9")
-# parser.add_argument("--out", "-o", help="output file")
-
-args = parser.parse_args()
-
-with open("../Release_notes") as IN, open("/home/ajs1/www/restrict/orient4/Release_notes.shtml","w") as OUT:
-  #  HTML header
-  OUT.write("""<!DOCTYPE html PUBLIC
-"-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN"
-"http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
-<html>
-<head>
-<link rel="stylesheet" type="text/css"
-  href="http://www-stone.ch.cam.ac.uk/newstyle.css" />
-<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
-  charset=iso-8859-1" />
-    <title>Orient {v} Release Notes</title>
-  </head>
-  <body>
-    <h1>Orient {v} Release Notes</h1>
-""".format(v=args.version))
-
-  for line in IN.readlines():
-    if re.match(r' *$', line):
-      if para != "":
-        OUT.write("<p>{}</p>\n\n".format(para.rstrip()))
-        para = ""
-      else:
-        pass
-    elif re.match(r'\d+\.\d+\.\d+$', line):
-      OUT.write("<h3>{}</h3>\n".format(line.rstrip()))
-      para = ""
-    else:
-      para += line
-
-  OUT.write("""
-
-<p>This page is maintained by <a href="mailto:ajs1  at  cam.ac.uk">Anthony
-Stone</a>, and was last updated on
-<!--#config timefmt="%d %B %Y" -->
-<!--#flastmod file="Release_notes.shtml" -->.</p>
-</body>
-
-</html>
-""")
-
diff --git a/distrib/source-files b/distrib/source-files
deleted file mode 100644 (file)
index 126b6a2..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,118 +0,0 @@
-Dependencies
-Module-list
-Object-list
-alphas.f90
-analyse.F90
-autocor.f90
-axes.f90
-axis.f90
-basinhop.F90
-binomials.f90
-compare.f90
-connect.f90
-consts.f90
-! copy.f90 (now included in mdata.f90)
-damping.f90
-! dcheck2.f90 (now included in force.F90)
-! dcheck.f90 (now included in force.F90)
-deriv_check.F90
-derivs.f90
-dgemm.f
-dgemv.f
-displace.f90
-display.F90
-dump.F90
-edit.f90
-energy.f90
-extra.f90
-f03gl_gl.f90
-f03gl_glu.f90
-f03gl_glut.f90
-ferrenberg.f90
-fields.F90
-fieldsml.f90
-fit.F90
-force.F90
-fourier.f90
-gammafns.f90
-geom.f90
-gl_module.F90
-global.f90
-gmin.F90
-hdiag.f90
-histograms.f90
-histograms.diff
-histograms.strip
-indexes.f90
-indparams.f90
-induce.f90
-induceml.f90
-induction.f90
-init.f90
-input.F90
-interact.f90
-labels.f90
-lapack.f90
-lattice.F90
-lattinfo.f90
-listinds.f90
-lists.f90
-lj.f90
-lsame.f
-marching_cubes.f90
-mc.F90
-mdata.f90
-md.F90
-md.diff
-mdmc.F90
-md.strip
-mlinfo.f90
-molapair.f90
-molecules.f90
-monolayer.F90
-names.f90
-nrtype.f90
-nrutil.f90
-optimize.F90
-options.f90
-orient.F90
-orses_module.F90
-output.f90
-pairderiv.f90
-pair_es.f90
-pairlatt.f90
-parameters.f90
-plot.F90
-position_molecules.f90
-printq.f90
-properties.f90
-random.f90
-readpair.f90
-recipes.diff
-recipes.f90
-relative.f90
-rotations.f90
-runorient.f90
-! scheck.f90 (now included in force.F90)
-sfns.F90
-! show.f90 (now replaced by show_data.f90)
-show_data.f90
-! sitepair.f90 (now included in force.F90)
-sites.f90
-sizes.f90
-slice.F90
-sqrts.f90
-statistics.F90
-structure.f90
-switches.f90
-tabulate.F90
-thermofns.f90
-timing.F90
-triple.f90
-types.f90
-utility.f90
-variables.f90
-version.x90
-virial_module.F90
-virial_module.diff
-virial_module.strip
diff --git a/distrib/source_notes.php b/distrib/source_notes.php
deleted file mode 100644 (file)
index 69a9bdd..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,113 +0,0 @@
-<!DOCTYPE html PUBLIC
-"-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN"
-"http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
-<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">
-  <head>
-    <link rel="stylesheet" type="text/css"
-      href="http://www-stone.ch.cam.ac.uk/newstyle.css" />
-    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
-      charset=iso-8859-1" />
-    <title>Notes on using the Orient source files</title>
-  </head>
-
-  <body>
-<?
-  include "versions.inc"
-?>
-
-<h1>Notes on using the Orient source files</h1>
-
-<p>The Orient program uses a number of Numerical Recipes routines,
-which cannot be distributed with the program for copyright reasons. In
-order to compile the program from the source, you need to have a
-licence for the Numerical Recipes routines, and access to a directory
-containing version 2.10 of the single-precision Fortran77 routines.
-You will
-need to have Perl installed on your computer, and you may need
-to change the first line of the file 
-Orient-<?= $version ?>/bin/patch_recipes.pl if 
-your perl program isn't in /usr/bin/perl.  You need to have the
-Lapack and Blas libraries installed; the ATLAS library contains all
-the Blas and Lapack routines that are needed, and is recommended.</p>
-
-<ol>
-<li>
-Download the files Orient-<?= $version ?>-base.tgz and 
-Orient-<?= $version ?>-source.tgz, put them in a suitable directory
-and run the commands
-<div class="cmnd">
-       tar xzvf Orient-<?= $version ?>-base.tgz<br/>
-       tar xzvf Orient-<?= $version ?>-source.tgz
-</div>
-This will create a new directory Orient-<?= $version ?> containing the program,
-test files and documentation.
-</li>
-<li>
-Inspect the variables defined at the top of the Makefile in the
-Orient-<?= $version ?> directory, and correct the values as necessary. In
-particular, you need to provide the name of a directory in which
-the single-precision Fortran77 versions of the Numerical Recipes
-routines reside. You may also need to change the first line of the
-file Orient-<?= $version ?>/bin/patch_recipes.pl if your perl program isn't
-in /usr/bin/perl, and you may want to set the COMPILER and ARCH (machine
-architecture) variables to different values. If you want to
-compile with the graphical display features included, you will
-need a Fortran 2003 compiler that includes the C interoperability
-features, such as nag or gfortran, and you need
-to have the OpenGL libraries installed.
-Ensure that a directory Orient-<?= $version ?>/<i>arch</i>/<i>compiler</i>/exe
-is present for the compiler you intend to use. Such a directory is
-already provided for some architecture/compiler combinations; otherwise
-<div class="cmnd">
-mkdir -p <i>arch</i>/<i>compiler</i>/exe
-</div>
-will create it on a Unix system. In this case, copy the Flags file from
- one of the other compiler subdirectories into your 
-new Orient-<?= $version ?>/<i>arch</i>/<i>compiler</i> directory and edit them
-as needed. In any case you will need to check that the paths to
-the various library directories (set in the file 
-Orient-<?= $version ?>/<i>arch</i>/<i>compiler</i>/Flags)  are correct.
-</li>
-<li>
-Now run the command
-<div class="cmnd">
-make
-</div>
-The executable should appear in
-Orient-<?= $version ?>/<i>arch</i>/<i>compiler</i>/exe/orient,
-with a link from Orient-<?= $version ?>/bin.
-</li>
-<li>
-Run the command
-<div class="cmnd">
-make tests
-</div>
-to carry out the test calculations.
-</li>
-<li>
-You can install the executable in the directory specified by the PREFIX
-variable in the Makefile by running the command
-<div class="cmnd">
-make install
-</div>
-You may need root privileges for this.
-</li>
-</ol>
-
-<hr />
-<table>
-<tr>
-<td>
-    <address>Anthony Stone &lt;ajs1 at cam.ac.uk&gt;</address>
-<!-- Created: Sun Oct 30 11:55:12 GMT 2005 -->
-Last modified: <?php echo date("H:i D d M Y", filemtime("source_notes.php")) ?>
-</td>
-<td width="120" align="right">
-  <a href="http://validator.w3.org/check?uri=referer"><img
-        src="../../images/valid-xhtml10.png"
-        alt="Valid XHTML 1.0 Transitional" height="31" width="88" /></a>
-</td>
-</tr>
-</table>
-</body>
-</html>
diff --git a/distrib/test.files b/distrib/test.files
deleted file mode 100644 (file)
index 3018071..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,122 +0,0 @@
-formamide/clean
-formamide/data
-formamide/check.sh
-formamide/check/out.tail
-
-H2CO..HF/data
-H2CO..HF/data2
-H2CO..HF/cpout.pl
-H2CO..HF/clean
-H2CO..HF/check.sh
-H2CO..HF/check/dump.ts
-H2CO..HF/check/freq
-H2CO..HF/check/min.xyz
-H2CO..HF/check/out
-H2CO..HF/check/path-.xyz
-H2CO..HF/check/path+.xyz
-H2CO..HF/check/ts.xyz
-
-
-H2O..H2O/data
-H2O..H2O/asp-w4-new.defn
-H2O..H2O/cpout.pl
-H2O..H2O/clean
-H2O..H2O/check.sh
-H2O..H2O/check/min.freq
-H2O..H2O/check/minf.xyz
-H2O..H2O/check/min.xyz
-H2O..H2O/check/out
-
-water_hexamer/data
-water_hexamer/cage
-water_hexamer/aspw4_6.defn
-water_hexamer/clean
-water_hexamer/check.sh
-water_hexamer/cpout.pl
-water_hexamer/check/min.dump
-water_hexamer/check/opt.xyz
-water_hexamer/check/out
-
-HF..HF/data
-HF..HF/data2
-HF..HF/clean
-HF..HF/check.sh
-HF..HF/cpout.pl
-HF..HF/check/out
-HF..HF/check/min.xyz
-HF..HF/check/min.freq
-HF..HF/check/dump.min
-HF..HF/check/ts.xyz
-HF..HF/check/ts.freq
-
-fit_CH4/data
-fit_CH4/clean
-fit_CH4/check.sh
-fit_CH4/cpfit.pl
-fit_CH4/sapt.data
-fit_CH4/check/out
-
-analyse6dipoles/data
-analyse6dipoles/clean
-analyse6dipoles/check.sh
-analyse6dipoles/check/out.tail
-
-virialcoeff/data
-virialcoeff/HF_2.defn
-virialcoeff/clean
-virialcoeff/check.sh
-virialcoeff/check/mayer.out
-virialcoeff/check/out
-
-dielectric/data
-dielectric/clean
-dielectric/check.sh
-dielectric/check/out
-
-MC/data
-MC/clean
-MC/cpout.pl
-MC/check.sh
-MC/check/out
-
-MD/data
-MD/clean
-MD/check.sh
-MD/cpout.pl
-MD/check/frequencies
-MD/check/md.dump
-MD/check/md.dump.moldyn
-MD/check/mdgmin.xyz
-MD/check/mdgmin.xyz.dump
-MD/check/mdplot.xyz
-MD/check/mdquench
-MD/check/mdquench.xyz
-MD/check/md.stats
-MD/check/min.dump
-MD/check/out
-MD/check/td.min
-
-NaCl..w2/data
-NaCl..w2/clean
-NaCl..w2/cpout.pl
-NaCl..w2/check.sh
-NaCl..w2/check/min.xyz
-NaCl..w2/check/out
-NaCl..w2/check/w2mina.dump
-NaCl..w2/check/w2mina.xyz
-NaCl..w2/check/w2minb.dump
-NaCl..w2/check/w2minb.xyz
-
-urea_nanocrystal/data
-urea_nanocrystal/clean
-urea_nanocrystal/check.sh
-urea_nanocrystal/cpout.pl
-urea_nanocrystal/check/out
-
-hexane_disp/data
-hexane_disp/clean
-hexane_disp/check.sh
-hexane_disp/check/out.tail
-
-
-
diff --git a/utilities/redefine_axes.py b/utilities/redefine_axes.py
deleted file mode 100755 (executable)
index f97fa64..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,72 +0,0 @@
-#!/usr/bin/python
-#  -*-  coding  iso-8859-1  -*-
-
-"""Assess multipole models against an energy scan.
-"""
-
-import argparse
-# import re
-# import os.path
-# import string
-import subprocess
-
-parser = argparse.ArgumentParser(
-formatter_class=argparse.RawDescriptionHelpFormatter,
-description="""Assess multipole models against an energy scan.
-""",epilog="""
-E.g.
-local_mdfn.py diglycine --mdfn <file> --axes digly.axes --to <local-mdfn>
-
-Apply a local-axis definition to the specified molecule definition file,
-assumed to be given in global axes, and output a new molecule definition
-file with the multipoles redefined for the local axes.
-""")
-
-parser.add_argument("name", help="Molecule name")
-parser.add_argument("--mdfn", help="Molecule definition file", required=True)
-parser.add_argument("--axes", help="File containing local axis definitions")
-parser.add_argument("--to", help="File for molecule definition in local axes")
-
-args = parser.parse_args()
-if args.axes:
-  axes = "#include "+args.axes
-else:
-  axes = ""
-
-datafile = "orient.data"
-with open(datafile,"w") as DATA:
-  DATA.write("""!  Generic Orient data file for potential maps
-
-Allocate
-  Molecules 20
-End
-
-Types
-  H  Z  1
-  C  Z  6
-  N  Z  7
-  O  Z  8
-  F  Z  9
-  S  Z 16
-  b  Z  0
-  Q  Z  0
-End
-
-""")
-  with open(args.mdfn) as MDF:
-    DATA.write(MDF.read())
-
-  DATA.write("""
-Edit {mol}
-  Bonds auto
-  verbose
-  #include {axes}
-End
-
-show {mol} write file {out}
-
-Finish
-  """.format(mol=args.name,axes=args.axes,out=args.to))
-
-with open(datafile) as IN:
-  subprocess.call(["/home/ajs1/orient/trunk/bin/orient"], stdin=IN)