Tidying up
authorAnthony Stone <ajs1@cam.ac.uk>
Mon, 29 Oct 2018 15:55:47 +0000 (15:55 +0000)
committerAnthony Stone <ajs1@cam.ac.uk>
Mon, 29 Oct 2018 16:04:15 +0000 (16:04 +0000)
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index 18233f0..38313dc 100644 (file)
@@ -1,15 +1,5 @@
 .svn
 src/version.f90
-x86-64/gfortran/exe/**
-x86-64/ifort/exe/**
-x86-64/pgf90/exe/**
-x86-64/nag/exe/**
-x86-64/gfortran/debug/**
-x86-64/ifort/debug/**
-x86-64/pgf90/debug/**
-x86-64/nag/debug/**
-osx/gfortran/exe/**
-osx/gfortran/debug/**
 *.x
 *~
 *.save
@@ -24,52 +14,3 @@ temp/
 doc/Manual.bbl
 doc/Manual.out
 doc/Manual.toc
-# Output files from tests 
-tests/*.done
-tests/test.log*
-tests/H2CO..HF/dump.ts
-tests/H2CO..HF/freq
-tests/H2CO..HF/min.xyz
-tests/H2CO..HF/ts.xyz
-tests/H2CO..HF/out
-tests/H2O..H2O/min.xyz
-tests/H2O..H2O/minf.xyz
-tests/H2O..H2O/out
-tests/HF..HF/dump.min
-tests/HF..HF/min.freq
-tests/HF..HF/min.xyz
-tests/HF..HF/out
-tests/HF..HF/ts.freq
-tests/HF..HF/ts.xyz
-tests/MD/mdquench*
-tests/MD/md.dump
-tests/MD/mdgmin.dump
-tests/MD/md.dump.moldyn
-tests/MD/md.stats
-tests/MD/mdgmin.xyz
-tests/MD/mdplot.xyz
-tests/MD/min.dump
-tests/MD/out
-tests/MD/td.min
-tests/NaCl..w2/out
-tests/NaCl..w2/w2mina.dump
-tests/NaCl..w2/w2mina.xyz
-tests/NaCl..w2/w2minb.dump
-tests/NaCl..w2/w2minb.xyz
-tests/basinhop/minima.geom
-tests/basinhop/minima.xyz
-tests/basinhop/out
-tests/basinhop/save.cfg
-tests/dielectric/Ca_min.xyz
-tests/dielectric/out
-tests/dielectric/out_new
-tests/dielectric/r_Ca
-tests/fit_CH4/out
-tests/formamide/out
-tests/induction_damping/
-tests/output_files
-tests/virialcoeff/mayer.out
-tests/virialcoeff/out
-tests/water_hexamer/min.dump
-tests/water_hexamer/opt.xyz
-tests/water_hexamer/out
diff --git a/doc/editbbl.pl b/doc/editbbl.pl
new file mode 100755 (executable)
index 0000000..5e3134e
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,10 @@
+#!/usr/bin/perl -wi.bak
+while (<>) {
+  if (/harvarditem/) {
+    print "\\setlength\\itemsep{0pt}\n";
+  }
+  elsif ( /ajs1-cam/ ) {
+    s/ajs1-/ajs1@/;
+  }
+  print;
+}
diff --git a/doc/gpl-3.0.pdf b/doc/gpl-3.0.pdf
new file mode 100644 (file)
index 0000000..d41844e
Binary files /dev/null and b/doc/gpl-3.0.pdf differ
diff --git a/doc/gpl-3.0.tex b/doc/gpl-3.0.tex
new file mode 100644 (file)
index 0000000..d666bbe
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,719 @@
+\documentclass[11pt]{article}
+
+\title{GNU GENERAL PUBLIC LICENSE}
+\date{Version 3, 29 June 2007}
+
+\begin{document}
+\maketitle
+
+\begin{center}
+{\parindent 0in
+
+Copyright \copyright\  2007 Free Software Foundation, Inc. \texttt{https://fsf.org/}
+
+\bigskip
+Everyone is permitted to copy and distribute verbatim copies of this
+
+license document, but changing it is not allowed.}
+
+\end{center}
+
+\renewcommand{\abstractname}{Preamble}
+\begin{abstract}
+The GNU General Public License is a free, copyleft license for
+software and other kinds of works.
+
+The licenses for most software and other practical works are designed
+to take away your freedom to share and change the works.  By contrast,
+the GNU General Public License is intended to guarantee your freedom to
+share and change all versions of a program--to make sure it remains free
+software for all its users.  We, the Free Software Foundation, use the
+GNU General Public License for most of our software; it applies also to
+any other work released this way by its authors.  You can apply it to
+your programs, too.
+
+When we speak of free software, we are referring to freedom, not
+price.  Our General Public Licenses are designed to make sure that you
+have the freedom to distribute copies of free software (and charge for
+them if you wish), that you receive source code or can get it if you
+want it, that you can change the software or use pieces of it in new
+free programs, and that you know you can do these things.
+
+To protect your rights, we need to prevent others from denying you
+these rights or asking you to surrender the rights.  Therefore, you have
+certain responsibilities if you distribute copies of the software, or if
+you modify it: responsibilities to respect the freedom of others.
+
+For example, if you distribute copies of such a program, whether
+gratis or for a fee, you must pass on to the recipients the same
+freedoms that you received.  You must make sure that they, too, receive
+or can get the source code.  And you must show them these terms so they
+know their rights.
+
+Developers that use the GNU GPL protect your rights with two steps:
+(1) assert copyright on the software, and (2) offer you this License
+giving you legal permission to copy, distribute and/or modify it.
+
+For the developers' and authors' protection, the GPL clearly explains
+that there is no warranty for this free software.  For both users' and
+authors' sake, the GPL requires that modified versions be marked as
+changed, so that their problems will not be attributed erroneously to
+authors of previous versions.
+
+Some devices are designed to deny users access to install or run
+modified versions of the software inside them, although the manufacturer
+can do so.  This is fundamentally incompatible with the aim of
+protecting users' freedom to change the software.  The systematic
+pattern of such abuse occurs in the area of products for individuals to
+use, which is precisely where it is most unacceptable.  Therefore, we
+have designed this version of the GPL to prohibit the practice for those
+products.  If such problems arise substantially in other domains, we
+stand ready to extend this provision to those domains in future versions
+of the GPL, as needed to protect the freedom of users.
+
+Finally, every program is threatened constantly by software patents.
+States should not allow patents to restrict development and use of
+software on general-purpose computers, but in those that do, we wish to
+avoid the special danger that patents applied to a free program could
+make it effectively proprietary.  To prevent this, the GPL assures that
+patents cannot be used to render the program non-free.
+
+The precise terms and conditions for copying, distribution and
+modification follow.
+\end{abstract}
+
+\begin{center}
+{\Large \sc Terms and Conditions}
+\end{center}
+
+
+\begin{enumerate}
+
+\addtocounter{enumi}{-1}
+
+\item Definitions.
+
+``This License'' refers to version 3 of the GNU General Public License.
+
+``Copyright'' also means copyright-like laws that apply to other kinds of
+works, such as semiconductor masks.
+
+``The Program'' refers to any copyrightable work licensed under this
+License.  Each licensee is addressed as ``you''.  ``Licensees'' and
+``recipients'' may be individuals or organizations.
+
+To ``modify'' a work means to copy from or adapt all or part of the work
+in a fashion requiring copyright permission, other than the making of an
+exact copy.  The resulting work is called a ``modified version'' of the
+earlier work or a work ``based on'' the earlier work.
+
+A ``covered work'' means either the unmodified Program or a work based
+on the Program.
+
+To ``propagate'' a work means to do anything with it that, without
+permission, would make you directly or secondarily liable for
+infringement under applicable copyright law, except executing it on a
+computer or modifying a private copy.  Propagation includes copying,
+distribution (with or without modification), making available to the
+public, and in some countries other activities as well.
+
+To ``convey'' a work means any kind of propagation that enables other
+parties to make or receive copies.  Mere interaction with a user through
+a computer network, with no transfer of a copy, is not conveying.
+
+An interactive user interface displays ``Appropriate Legal Notices''
+to the extent that it includes a convenient and prominently visible
+feature that (1) displays an appropriate copyright notice, and (2)
+tells the user that there is no warranty for the work (except to the
+extent that warranties are provided), that licensees may convey the
+work under this License, and how to view a copy of this License.  If
+the interface presents a list of user commands or options, such as a
+menu, a prominent item in the list meets this criterion.
+
+\item Source Code.
+
+The ``source code'' for a work means the preferred form of the work
+for making modifications to it.  ``Object code'' means any non-source
+form of a work.
+
+A ``Standard Interface'' means an interface that either is an official
+standard defined by a recognized standards body, or, in the case of
+interfaces specified for a particular programming language, one that
+is widely used among developers working in that language.
+
+The ``System Libraries'' of an executable work include anything, other
+than the work as a whole, that (a) is included in the normal form of
+packaging a Major Component, but which is not part of that Major
+Component, and (b) serves only to enable use of the work with that
+Major Component, or to implement a Standard Interface for which an
+implementation is available to the public in source code form.  A
+``Major Component'', in this context, means a major essential component
+(kernel, window system, and so on) of the specific operating system
+(if any) on which the executable work runs, or a compiler used to
+produce the work, or an object code interpreter used to run it.
+
+The ``Corresponding Source'' for a work in object code form means all
+the source code needed to generate, install, and (for an executable
+work) run the object code and to modify the work, including scripts to
+control those activities.  However, it does not include the work's
+System Libraries, or general-purpose tools or generally available free
+programs which are used unmodified in performing those activities but
+which are not part of the work.  For example, Corresponding Source
+includes interface definition files associated with source files for
+the work, and the source code for shared libraries and dynamically
+linked subprograms that the work is specifically designed to require,
+such as by intimate data communication or control flow between those
+subprograms and other parts of the work.
+
+The Corresponding Source need not include anything that users
+can regenerate automatically from other parts of the Corresponding
+Source.
+
+The Corresponding Source for a work in source code form is that
+same work.
+
+\item Basic Permissions.
+
+All rights granted under this License are granted for the term of
+copyright on the Program, and are irrevocable provided the stated
+conditions are met.  This License explicitly affirms your unlimited
+permission to run the unmodified Program.  The output from running a
+covered work is covered by this License only if the output, given its
+content, constitutes a covered work.  This License acknowledges your
+rights of fair use or other equivalent, as provided by copyright law.
+
+You may make, run and propagate covered works that you do not
+convey, without conditions so long as your license otherwise remains
+in force.  You may convey covered works to others for the sole purpose
+of having them make modifications exclusively for you, or provide you
+with facilities for running those works, provided that you comply with
+the terms of this License in conveying all material for which you do
+not control copyright.  Those thus making or running the covered works
+for you must do so exclusively on your behalf, under your direction
+and control, on terms that prohibit them from making any copies of
+your copyrighted material outside their relationship with you.
+
+Conveying under any other circumstances is permitted solely under
+the conditions stated below.  Sublicensing is not allowed; section 10
+makes it unnecessary.
+
+\item Protecting Users' Legal Rights From Anti-Circumvention Law.
+
+No covered work shall be deemed part of an effective technological
+measure under any applicable law fulfilling obligations under article
+11 of the WIPO copyright treaty adopted on 20 December 1996, or
+similar laws prohibiting or restricting circumvention of such
+measures.
+
+When you convey a covered work, you waive any legal power to forbid
+circumvention of technological measures to the extent such circumvention
+is effected by exercising rights under this License with respect to
+the covered work, and you disclaim any intention to limit operation or
+modification of the work as a means of enforcing, against the work's
+users, your or third parties' legal rights to forbid circumvention of
+technological measures.
+
+\item Conveying Verbatim Copies.
+
+You may convey verbatim copies of the Program's source code as you
+receive it, in any medium, provided that you conspicuously and
+appropriately publish on each copy an appropriate copyright notice;
+keep intact all notices stating that this License and any
+non-permissive terms added in accord with section 7 apply to the code;
+keep intact all notices of the absence of any warranty; and give all
+recipients a copy of this License along with the Program.
+
+You may charge any price or no price for each copy that you convey,
+and you may offer support or warranty protection for a fee.
+
+\item Conveying Modified Source Versions.
+
+You may convey a work based on the Program, or the modifications to
+produce it from the Program, in the form of source code under the
+terms of section 4, provided that you also meet all of these conditions:
+  \begin{enumerate}
+  \item The work must carry prominent notices stating that you modified
+  it, and giving a relevant date.
+
+  \item The work must carry prominent notices stating that it is
+  released under this License and any conditions added under section
+  7.  This requirement modifies the requirement in section 4 to
+  ``keep intact all notices''.
+
+  \item You must license the entire work, as a whole, under this
+  License to anyone who comes into possession of a copy.  This
+  License will therefore apply, along with any applicable section 7
+  additional terms, to the whole of the work, and all its parts,
+  regardless of how they are packaged.  This License gives no
+  permission to license the work in any other way, but it does not
+  invalidate such permission if you have separately received it.
+
+  \item If the work has interactive user interfaces, each must display
+  Appropriate Legal Notices; however, if the Program has interactive
+  interfaces that do not display Appropriate Legal Notices, your
+  work need not make them do so.
+\end{enumerate}
+A compilation of a covered work with other separate and independent
+works, which are not by their nature extensions of the covered work,
+and which are not combined with it such as to form a larger program,
+in or on a volume of a storage or distribution medium, is called an
+``aggregate'' if the compilation and its resulting copyright are not
+used to limit the access or legal rights of the compilation's users
+beyond what the individual works permit.  Inclusion of a covered work
+in an aggregate does not cause this License to apply to the other
+parts of the aggregate.
+
+\item Conveying Non-Source Forms.
+
+You may convey a covered work in object code form under the terms
+of sections 4 and 5, provided that you also convey the
+machine-readable Corresponding Source under the terms of this License,
+in one of these ways:
+  \begin{enumerate}
+  \item Convey the object code in, or embodied in, a physical product
+  (including a physical distribution medium), accompanied by the
+  Corresponding Source fixed on a durable physical medium
+  customarily used for software interchange.
+
+  \item Convey the object code in, or embodied in, a physical product
+  (including a physical distribution medium), accompanied by a
+  written offer, valid for at least three years and valid for as
+  long as you offer spare parts or customer support for that product
+  model, to give anyone who possesses the object code either (1) a
+  copy of the Corresponding Source for all the software in the
+  product that is covered by this License, on a durable physical
+  medium customarily used for software interchange, for a price no
+  more than your reasonable cost of physically performing this
+  conveying of source, or (2) access to copy the
+  Corresponding Source from a network server at no charge.
+
+  \item Convey individual copies of the object code with a copy of the
+  written offer to provide the Corresponding Source.  This
+  alternative is allowed only occasionally and noncommercially, and
+  only if you received the object code with such an offer, in accord
+  with subsection 6b.
+
+  \item Convey the object code by offering access from a designated
+  place (gratis or for a charge), and offer equivalent access to the
+  Corresponding Source in the same way through the same place at no
+  further charge.  You need not require recipients to copy the
+  Corresponding Source along with the object code.  If the place to
+  copy the object code is a network server, the Corresponding Source
+  may be on a different server (operated by you or a third party)
+  that supports equivalent copying facilities, provided you maintain
+  clear directions next to the object code saying where to find the
+  Corresponding Source.  Regardless of what server hosts the
+  Corresponding Source, you remain obligated to ensure that it is
+  available for as long as needed to satisfy these requirements.
+
+  \item Convey the object code using peer-to-peer transmission, provided
+  you inform other peers where the object code and Corresponding
+  Source of the work are being offered to the general public at no
+  charge under subsection 6d.
+  \end{enumerate}
+
+A separable portion of the object code, whose source code is excluded
+from the Corresponding Source as a System Library, need not be
+included in conveying the object code work.
+
+A ``User Product'' is either (1) a ``consumer product'', which means any
+tangible personal property which is normally used for personal, family,
+or household purposes, or (2) anything designed or sold for incorporation
+into a dwelling.  In determining whether a product is a consumer product,
+doubtful cases shall be resolved in favor of coverage.  For a particular
+product received by a particular user, ``normally used'' refers to a
+typical or common use of that class of product, regardless of the status
+of the particular user or of the way in which the particular user
+actually uses, or expects or is expected to use, the product.  A product
+is a consumer product regardless of whether the product has substantial
+commercial, industrial or non-consumer uses, unless such uses represent
+the only significant mode of use of the product.
+
+``Installation Information'' for a User Product means any methods,
+procedures, authorization keys, or other information required to install
+and execute modified versions of a covered work in that User Product from
+a modified version of its Corresponding Source.  The information must
+suffice to ensure that the continued functioning of the modified object
+code is in no case prevented or interfered with solely because
+modification has been made.
+
+If you convey an object code work under this section in, or with, or
+specifically for use in, a User Product, and the conveying occurs as
+part of a transaction in which the right of possession and use of the
+User Product is transferred to the recipient in perpetuity or for a
+fixed term (regardless of how the transaction is characterized), the
+Corresponding Source conveyed under this section must be accompanied
+by the Installation Information.  But this requirement does not apply
+if neither you nor any third party retains the ability to install
+modified object code on the User Product (for example, the work has
+been installed in ROM).
+
+The requirement to provide Installation Information does not include a
+requirement to continue to provide support service, warranty, or updates
+for a work that has been modified or installed by the recipient, or for
+the User Product in which it has been modified or installed.  Access to a
+network may be denied when the modification itself materially and
+adversely affects the operation of the network or violates the rules and
+protocols for communication across the network.
+
+Corresponding Source conveyed, and Installation Information provided,
+in accord with this section must be in a format that is publicly
+documented (and with an implementation available to the public in
+source code form), and must require no special password or key for
+unpacking, reading or copying.
+
+\item Additional Terms.
+
+``Additional permissions'' are terms that supplement the terms of this
+License by making exceptions from one or more of its conditions.
+Additional permissions that are applicable to the entire Program shall
+be treated as though they were included in this License, to the extent
+that they are valid under applicable law.  If additional permissions
+apply only to part of the Program, that part may be used separately
+under those permissions, but the entire Program remains governed by
+this License without regard to the additional permissions.
+
+When you convey a copy of a covered work, you may at your option
+remove any additional permissions from that copy, or from any part of
+it.  (Additional permissions may be written to require their own
+removal in certain cases when you modify the work.)  You may place
+additional permissions on material, added by you to a covered work,
+for which you have or can give appropriate copyright permission.
+
+Notwithstanding any other provision of this License, for material you
+add to a covered work, you may (if authorized by the copyright holders of
+that material) supplement the terms of this License with terms:
+  \begin{enumerate}
+  \item Disclaiming warranty or limiting liability differently from the
+  terms of sections 15 and 16 of this License; or
+
+  \item Requiring preservation of specified reasonable legal notices or
+  author attributions in that material or in the Appropriate Legal
+  Notices displayed by works containing it; or
+
+  \item Prohibiting misrepresentation of the origin of that material, or
+  requiring that modified versions of such material be marked in
+  reasonable ways as different from the original version; or
+
+  \item Limiting the use for publicity purposes of names of licensors or
+  authors of the material; or
+
+  \item Declining to grant rights under trademark law for use of some
+  trade names, trademarks, or service marks; or
+
+  \item Requiring indemnification of licensors and authors of that
+  material by anyone who conveys the material (or modified versions of
+  it) with contractual assumptions of liability to the recipient, for
+  any liability that these contractual assumptions directly impose on
+  those licensors and authors.
+  \end{enumerate}
+
+All other non-permissive additional terms are considered ``further
+restrictions'' within the meaning of section 10.  If the Program as you
+received it, or any part of it, contains a notice stating that it is
+governed by this License along with a term that is a further
+restriction, you may remove that term.  If a license document contains
+a further restriction but permits relicensing or conveying under this
+License, you may add to a covered work material governed by the terms
+of that license document, provided that the further restriction does
+not survive such relicensing or conveying.
+
+If you add terms to a covered work in accord with this section, you
+must place, in the relevant source files, a statement of the
+additional terms that apply to those files, or a notice indicating
+where to find the applicable terms.
+
+Additional terms, permissive or non-permissive, may be stated in the
+form of a separately written license, or stated as exceptions;
+the above requirements apply either way.
+
+\item Termination.
+
+You may not propagate or modify a covered work except as expressly
+provided under this License.  Any attempt otherwise to propagate or
+modify it is void, and will automatically terminate your rights under
+this License (including any patent licenses granted under the third
+paragraph of section 11).
+
+However, if you cease all violation of this License, then your
+license from a particular copyright holder is reinstated (a)
+provisionally, unless and until the copyright holder explicitly and
+finally terminates your license, and (b) permanently, if the copyright
+holder fails to notify you of the violation by some reasonable means
+prior to 60 days after the cessation.
+
+Moreover, your license from a particular copyright holder is
+reinstated permanently if the copyright holder notifies you of the
+violation by some reasonable means, this is the first time you have
+received notice of violation of this License (for any work) from that
+copyright holder, and you cure the violation prior to 30 days after
+your receipt of the notice.
+
+Termination of your rights under this section does not terminate the
+licenses of parties who have received copies or rights from you under
+this License.  If your rights have been terminated and not permanently
+reinstated, you do not qualify to receive new licenses for the same
+material under section 10.
+
+\item Acceptance Not Required for Having Copies.
+
+You are not required to accept this License in order to receive or
+run a copy of the Program.  Ancillary propagation of a covered work
+occurring solely as a consequence of using peer-to-peer transmission
+to receive a copy likewise does not require acceptance.  However,
+nothing other than this License grants you permission to propagate or
+modify any covered work.  These actions infringe copyright if you do
+not accept this License.  Therefore, by modifying or propagating a
+covered work, you indicate your acceptance of this License to do so.
+
+\item Automatic Licensing of Downstream Recipients.
+
+Each time you convey a covered work, the recipient automatically
+receives a license from the original licensors, to run, modify and
+propagate that work, subject to this License.  You are not responsible
+for enforcing compliance by third parties with this License.
+
+An ``entity transaction'' is a transaction transferring control of an
+organization, or substantially all assets of one, or subdividing an
+organization, or merging organizations.  If propagation of a covered
+work results from an entity transaction, each party to that
+transaction who receives a copy of the work also receives whatever
+licenses to the work the party's predecessor in interest had or could
+give under the previous paragraph, plus a right to possession of the
+Corresponding Source of the work from the predecessor in interest, if
+the predecessor has it or can get it with reasonable efforts.
+
+You may not impose any further restrictions on the exercise of the
+rights granted or affirmed under this License.  For example, you may
+not impose a license fee, royalty, or other charge for exercise of
+rights granted under this License, and you may not initiate litigation
+(including a cross-claim or counterclaim in a lawsuit) alleging that
+any patent claim is infringed by making, using, selling, offering for
+sale, or importing the Program or any portion of it.
+
+\item Patents.
+
+A ``contributor'' is a copyright holder who authorizes use under this
+License of the Program or a work on which the Program is based.  The
+work thus licensed is called the contributor's ``contributor version''.
+
+A contributor's ``essential patent claims'' are all patent claims
+owned or controlled by the contributor, whether already acquired or
+hereafter acquired, that would be infringed by some manner, permitted
+by this License, of making, using, or selling its contributor version,
+but do not include claims that would be infringed only as a
+consequence of further modification of the contributor version.  For
+purposes of this definition, ``control'' includes the right to grant
+patent sublicenses in a manner consistent with the requirements of
+this License.
+
+Each contributor grants you a non-exclusive, worldwide, royalty-free
+patent license under the contributor's essential patent claims, to
+make, use, sell, offer for sale, import and otherwise run, modify and
+propagate the contents of its contributor version.
+
+In the following three paragraphs, a ``patent license'' is any express
+agreement or commitment, however denominated, not to enforce a patent
+(such as an express permission to practice a patent or covenant not to
+sue for patent infringement).  To ``grant'' such a patent license to a
+party means to make such an agreement or commitment not to enforce a
+patent against the party.
+
+If you convey a covered work, knowingly relying on a patent license,
+and the Corresponding Source of the work is not available for anyone
+to copy, free of charge and under the terms of this License, through a
+publicly available network server or other readily accessible means,
+then you must either (1) cause the Corresponding Source to be so
+available, or (2) arrange to deprive yourself of the benefit of the
+patent license for this particular work, or (3) arrange, in a manner
+consistent with the requirements of this License, to extend the patent
+license to downstream recipients.  ``Knowingly relying'' means you have
+actual knowledge that, but for the patent license, your conveying the
+covered work in a country, or your recipient's use of the covered work
+in a country, would infringe one or more identifiable patents in that
+country that you have reason to believe are valid.
+
+If, pursuant to or in connection with a single transaction or
+arrangement, you convey, or propagate by procuring conveyance of, a
+covered work, and grant a patent license to some of the parties
+receiving the covered work authorizing them to use, propagate, modify
+or convey a specific copy of the covered work, then the patent license
+you grant is automatically extended to all recipients of the covered
+work and works based on it.
+
+A patent license is ``discriminatory'' if it does not include within
+the scope of its coverage, prohibits the exercise of, or is
+conditioned on the non-exercise of one or more of the rights that are
+specifically granted under this License.  You may not convey a covered
+work if you are a party to an arrangement with a third party that is
+in the business of distributing software, under which you make payment
+to the third party based on the extent of your activity of conveying
+the work, and under which the third party grants, to any of the
+parties who would receive the covered work from you, a discriminatory
+patent license (a) in connection with copies of the covered work
+conveyed by you (or copies made from those copies), or (b) primarily
+for and in connection with specific products or compilations that
+contain the covered work, unless you entered into that arrangement,
+or that patent license was granted, prior to 28 March 2007.
+
+Nothing in this License shall be construed as excluding or limiting
+any implied license or other defenses to infringement that may
+otherwise be available to you under applicable patent law.
+
+\item No Surrender of Others' Freedom.
+
+If conditions are imposed on you (whether by court order, agreement or
+otherwise) that contradict the conditions of this License, they do not
+excuse you from the conditions of this License.  If you cannot convey a
+covered work so as to satisfy simultaneously your obligations under this
+License and any other pertinent obligations, then as a consequence you may
+not convey it at all.  For example, if you agree to terms that obligate you
+to collect a royalty for further conveying from those to whom you convey
+the Program, the only way you could satisfy both those terms and this
+License would be to refrain entirely from conveying the Program.
+
+\item Use with the GNU Affero General Public License.
+
+Notwithstanding any other provision of this License, you have
+permission to link or combine any covered work with a work licensed
+under version 3 of the GNU Affero General Public License into a single
+combined work, and to convey the resulting work.  The terms of this
+License will continue to apply to the part which is the covered work,
+but the special requirements of the GNU Affero General Public License,
+section 13, concerning interaction through a network will apply to the
+combination as such.
+
+\item Revised Versions of this License.
+
+The Free Software Foundation may publish revised and/or new versions of
+the GNU General Public License from time to time.  Such new versions will
+be similar in spirit to the present version, but may differ in detail to
+address new problems or concerns.
+
+Each version is given a distinguishing version number.  If the
+Program specifies that a certain numbered version of the GNU General
+Public License ``or any later version'' applies to it, you have the
+option of following the terms and conditions either of that numbered
+version or of any later version published by the Free Software
+Foundation.  If the Program does not specify a version number of the
+GNU General Public License, you may choose any version ever published
+by the Free Software Foundation.
+
+If the Program specifies that a proxy can decide which future
+versions of the GNU General Public License can be used, that proxy's
+public statement of acceptance of a version permanently authorizes you
+to choose that version for the Program.
+
+Later license versions may give you additional or different
+permissions.  However, no additional obligations are imposed on any
+author or copyright holder as a result of your choosing to follow a
+later version.
+
+\item Disclaimer of Warranty.
+
+\begin{sloppypar}
+ THERE IS NO WARRANTY FOR THE PROGRAM, TO THE EXTENT PERMITTED BY
+ APPLICABLE LAW.  EXCEPT WHEN OTHERWISE STATED IN WRITING THE
+ COPYRIGHT HOLDERS AND/OR OTHER PARTIES PROVIDE THE PROGRAM ``AS IS''
+ WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EITHER EXPRESSED OR IMPLIED,
+ INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF
+ MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  THE ENTIRE
+ RISK AS TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE PROGRAM IS WITH YOU.
+ SHOULD THE PROGRAM PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME THE COST OF ALL
+ NECESSARY SERVICING, REPAIR OR CORRECTION.
+\end{sloppypar}
+
+\item Limitation of Liability.
+
+ IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN
+ WRITING WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MODIFIES
+ AND/OR CONVEYS THE PROGRAM AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU FOR
+ DAMAGES, INCLUDING ANY GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR CONSEQUENTIAL
+ DAMAGES ARISING OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE PROGRAM
+ (INCLUDING BUT NOT LIMITED TO LOSS OF DATA OR DATA BEING RENDERED
+ INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY YOU OR THIRD PARTIES OR A FAILURE
+ OF THE PROGRAM TO OPERATE WITH ANY OTHER PROGRAMS), EVEN IF SUCH
+ HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH
+ DAMAGES.
+
+\item Interpretation of Sections 15 and 16.
+
+If the disclaimer of warranty and limitation of liability provided
+above cannot be given local legal effect according to their terms,
+reviewing courts shall apply local law that most closely approximates
+an absolute waiver of all civil liability in connection with the
+Program, unless a warranty or assumption of liability accompanies a
+copy of the Program in return for a fee.
+
+\begin{center}
+{\Large\sc End of Terms and Conditions}
+
+\bigskip
+How to Apply These Terms to Your New Programs
+\end{center}
+
+If you develop a new program, and you want it to be of the greatest
+possible use to the public, the best way to achieve this is to make it
+free software which everyone can redistribute and change under these terms.
+
+To do so, attach the following notices to the program.  It is safest
+to attach them to the start of each source file to most effectively
+state the exclusion of warranty; and each file should have at least
+the ``copyright'' line and a pointer to where the full notice is found.
+
+{\footnotesize
+\begin{verbatim}
+<one line to give the program's name and a brief idea of what it does.>
+
+Copyright (C) <textyear>  <name of author>
+
+This program is free software: you can redistribute it and/or modify
+it under the terms of the GNU General Public License as published by
+the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
+(at your option) any later version.
+
+This program is distributed in the hope that it will be useful,
+but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+GNU General Public License for more details.
+
+You should have received a copy of the GNU General Public License
+along with this program.  If not, see <https://www.gnu.org/licenses/>.
+\end{verbatim}
+}
+
+Also add information on how to contact you by electronic and paper mail.
+
+If the program does terminal interaction, make it output a short
+notice like this when it starts in an interactive mode:
+
+{\footnotesize
+\begin{verbatim}
+<program>  Copyright (C) <year>  <name of author>
+
+This program comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY; for details type `show w'.
+This is free software, and you are welcome to redistribute it
+under certain conditions; type `show c' for details.
+\end{verbatim}
+}
+
+The hypothetical commands {\tt show w} and {\tt show c} should show
+the appropriate
+parts of the General Public License.  Of course, your program's commands
+might be different; for a GUI interface, you would use an ``about box''.
+
+You should also get your employer (if you work as a programmer) or
+school, if any, to sign a ``copyright disclaimer'' for the program, if
+necessary.  For more information on this, and how to apply and follow
+the GNU GPL, see \texttt{https://www.gnu.org/licenses/}.
+
+The GNU General Public License does not permit incorporating your
+program into proprietary programs.  If your program is a subroutine
+library, you may consider it more useful to permit linking proprietary
+applications with the library.  If this is what you want to do, use
+the GNU Lesser General Public License instead of this License.  But
+first, please read \texttt{https://www.gnu.org/licenses/why-not-lgpl.html}.
+
+\end{enumerate}
+
+\end{document}
diff --git a/doc/preamble.sty b/doc/preamble.sty
new file mode 100644 (file)
index 0000000..40556ca
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,183 @@
+\usepackage{calc,ifthen}
+\usepackage{xspace}
+\usepackage{array,dcolumn}
+\newcolumntype{d}{D{.}{.}{1}}
+\newcolumntype{L}{>{$}l<{$}}
+\newcolumntype{R}{>{$}r<{$}}
+\newcolumntype{C}{>{$}c<{$}}
+
+%  Fonts.  Bold mathematical symbols.
+%  One should use e.g. \boldsymbol{alpha} instead, but this doesn't work.
+\DeclareSymbolFont{mathbold}{OML}{cmm}{b}{it}
+\DeclareMathSymbol{\balpha}{\mathord}{mathbold}{11}
+\DeclareMathSymbol{\bbeta}{\mathord}{mathbold}{12}
+\DeclareMathSymbol{\bmu}{\mathord}{mathbold}{22}
+\DeclareMathSymbol{\bpi}{\mathord}{mathbold}{25}
+\DeclareMathSymbol{\brho}{\mathord}{mathbold}{26}
+\DeclareMathSymbol{\bsigma}{\mathord}{mathbold}{27}
+\DeclareMathSymbol{\bomega}{\mathord}{mathbold}{33}
+\DeclareMathSymbol{\bd}{\mathord}{mathbold}{`d}
+\DeclareMathSymbol{\bx}{\mathord}{mathbold}{`x}
+\DeclareMathSymbol{\by}{\mathord}{mathbold}{`y}
+
+% \newcommand\bmu{\boldsymbol{\mu}}
+
+%  Script
+\DeclareSymbolFont{rsfscript}{OMS}{rsfs}{m}{n}
+\DeclareSymbolFontAlphabet{\mathrsfs}{rsfscript}
+% \font\tenscr=rsfs10
+% \font\twelvescr=rsfs10 scaled \magstep1
+% \skewchar\tenscr='177
+% \skewchar\twelvescr='177
+%
+\renewcommand\thefootnote{\fnsymbol{footnote}}%
+\frenchspacing
+% \newcommand{\sloppypar}[1]\par{{\sloppy #1\par}}
+%
+\renewcommand\H{\EuScript{H}}
+% \newcommand\F{\EuScript{F}}
+% \newcommand\antisymm{\hbox{\tenscr A\/}}
+\newcommand\antisymm{\EuScript{A}}
+\let\sphi=\phi
+\let\phi=\varphi
+\ifx\planck\undefined
+\let\planck=\hbar \renewcommand{\hbar}{%
+\mathchoice{\kern2pt\planck}{\kern2pt\planck}{\kern1.5pt\planck}{\kern1.5pt\planck}}\fi
+%
+% \newcommand\ea{\ensuremath{\, ea_0}}
+% \newcommand\eaa{\ensuremath{\, ea_0^2}}
+% \newcommand\eaaa{\ensuremath{\, ea_0^3}}
+%
+\newcommand\e{{\rm e}}
+\renewcommand\i{{\rm i}}
+%
+% \newcommand\muhat{\hat\mu}
+% \newcommand\alphabar{\overline\alpha}
+% \def\Sfunc(#1,#2;#3,#4,#5)%
+% {\overline S{}^{#1\mathstrut}_{#3}{}^{#2\mathstrut}_{#4}{}^{\mathstrut}_{#5}}
+%
+\renewcommand\d{{\mathrm d}}
+\newcommand\dbyd[2][]{\frac{\partial #1}{\partial #2}}
+\newcommand\ddbyd[2][]{\frac{\partial^2 #1}{\partial #2^2}}
+%
+% \newcommand\es{{\rm es}}
+% \newcommand\er{{\rm er}}
+% \newcommand\ind{{\rm ind}}
+% \newcommand\pol{{\rm pol}}
+% \newcommand\ct{{\rm ct}}
+% \newcommand\disp{{\rm disp}}
+% \newcommand\pen{{\rm pen}}
+% \newcommand\rep{{\rm rep}}
+% \newcommand\exch{{\rm exch}}
+% \newcommand\LJ{{\rm LJ}}
+% \newcommand\BSSE{Basis Set Superposition Error}
+% \newcommand\bsse{basis set superposition error}
+% \newcommand\vdW{van der Waals}
+% \newcommand\VdW{Van der Waals}
+%
+% \newdimen\digitwidth
+% \setbox0\hbox{\rm 0}
+% \digitwidth=\wd0
+% \newdimen\minuswidth
+% \setbox0\hbox{$-$}
+% \minuswidth=\wd0
+%
+\def\sumprime{\mathop{{\sum}'}}
+\let\del=\nabla
+% \def\binom(#1,#2){{#1\choose#2}}
+\def\casefrac#1/#2{{\textstyle\frac{#1}{#2}}}
+% \let\frac=\casefrac
+% \def\smfrac#1/#2{{\scriptstyle\frac{#1}{#2}}}
+\newcommand{\half}{\tfrac{1}{2}}
+% \newcommand{\sqrthalf}{\sqrt{\casefrac1/2}}
+% \newcommand{\grad}{\mathop{\rm grad}\nolimits}
+% \renewcommand{\div}{\mathop{\rm div}\nolimits}
+% \newcommand{\curl}{\mathop{\rm curl}\nolimits}
+% \newcommand{\erf}{\mathop{\rm erf}\nolimits}
+%
+% Define \lt and \gt for `less than' and `greater than'
+\mathchardef\lt="313C \mathchardef\gt="313E
+% Set up `<' and `>' as angle brackets
+\mathcode`<="4268 \mathcode`>="5269
+%
+\newcommand{\degree}{\unskip\ensuremath{^\circ}}
+\newcommand{\Kelvin}{\unskip\ensuremath{\,{\rm K}}}
+\let\ring=\r
+\newcommand{\angstrom}{\ifmmode\unskip\,\hbox{\ring A}\else
+  \ensuremath{\hbox{\ring A}}\fi}
+\let \Angstrom=\angstrom
+\newcommand{\eV}{\unskip\ensuremath{\,{\it e\rm V}}}
+\newcommand{\kJpermol}{\ensuremath{{\rm kJ\,mol}^{-1}}\xspace}
+\newcommand{\recipcm}{\unskip\ensuremath{\,{\rm cm^{-1}}}}
+\newcommand{\debye}{\unskip\ensuremath{\,{\rm D}}}
+\let \Debye=\debye
+\newcommand{\au}[1]{\unskip\ifx.#1\ensuremath{\,{\rm a.u.}}\else \ensuremath{\,{\rm a.u.}#1}\fi}
+\newcommand{\second}{\unskip\ensuremath{\,{\rm s}}}
+\newcommand{\fourpie}{{4\pi\epsilon_0}}
+\newcommand{\vdw}{\unskip\mbox{\ensuremath{\cdot\!\cdot\!\cdot}}}
+%
+\def\?#1?{\message{#1}\marginpar{{\it #1}}}
+%\newcommand{\comment}[1]{\begin{center}\fbox{\parbox{3 in}{#1}}\end{center}}
+%
+\newcommand{\ie}{\textit{i.e.}\xspace}
+\newcommand{\eg}{\textit{e.g.}\xspace}
+\newcommand{\etc}[1]{\ifx.#1\textit{etc.}\else\textit{etc.}#1\fi}
+\newcommand{\etal}[1]{\ifx.#1\textit{et~al.}\else\textit{et~al.}#1\fi}
+\newcommand{\wrt}{with respect to\xspace}
+\newcommand{\via}{\textit{via}\xspace}
+\newcommand{\abinitio}{\textit{ab initio}\xspace}
+\newcommand{\Abinitio}{\textit{Ab initio}\xspace}
+% \newcommand\eqref[1]{eq.~(\ref{#1})}
+% \newcommand\Eqref[1]{Eq.~(\ref{#1})}
+%
+% New trick from dak. as revealed on comp.text.tex
+% - denotes allowable break points
+% = denotes an explicit - in the word.
+\begingroup
+\lccode`==`-
+\hyphenation{mol-e-cule mol-e-cules ultra-vio-let inf-ra-red calc-u-la-tion
+an-iso-trop-ic an-iso-tro-py quad-ru-pole quad-ru-poles hexa-de-ca-pole
+hexa-de-ca-poles or-i-en-ta-tion Buck-ing-ham=-Fow-ler Car-tes-ian}
+\endgroup
+\newcommand{\nohyphens}{\hyphenpenalty=10000\exhyphenpenalty=10000\relax}
+%
+%
+%  Symmetry labels. Note that \Dnh is not defined here, because \D is also
+%  used for Wigner functions. It should be defined locally as needed.
+% \def\D#1#2{\mathcal {D}_{#1#2}}
+% \def\C#1#2{\mathcal {C}_{#1#2}}
+% \newcommand\Ci{\mathcal {C}_i}
+% \newcommand\Cs{\mathcal {C}_s}
+% \newcommand\Oh{\mathcal {O}_h}
+% \newcommand\Td{\mathcal {T}_d}
+%
+%
+%  Wigner n-j coefficicent
+% \let \Sec=\S \def\S{{\bf S}}
+%  \def\d#1,#2 {d^{#1}_{#2}}
+% \def\D#1,#2 {D^{#1}_{#2}}
+% \def\threej(#1,#2,#3;#4,#5,#6){{\def\quad{\hskip0.6em\relax}%
+%     \begin{pmatrix}#1 & #2 & #3 \\[-1ex] #4 & #5 & #6 \end{pmatrix}}}
+% \def\sixj(#1,#2,#3;#4,#5,#6){{\def\quad{\hskip0.6em\relax}%
+%     \left\{\begin{matrix}#1 & #2 & #3 \\[-1ex] #4 & #5 & #6
+% \end{matrix}\right\}}}
+% \def\ninej(#1,#2,#3;#4,#5,#6;#7,#8,#9){{\def\quad{\hskip0.6em\relax}%
+%     \left\{\begin{matrix}#1 & #2 & #3 \\
+%                          #4 & #5 & #6 \\
+%                          #7 & #8 & #9 \end{matrix}\right\}}}
+%
+\providecommand{\monthname}{{\ifcase\month\or January\or February\or March\or
+April\or May\or June\or July\or August\or September\or October\or November\or
+December\fi}}
+\renewcommand{\today}{\number\day\ \monthname\ \number\year}
+%
+%  Time macro. Note: uses calc package.
+\newcounter{hour}\newcounter{minute}
+\newcommand\now{%
+\setcounter{hour}{\time/60}%
+\setcounter{minute}{\time-\value{hour}*60}%
+\thehour{:}\ifthenelse{\value{minute}<10}{0}{}\theminute\relax}
+%
+\newcommand{\signed}[2][12pt]{\vspace*{#1}\hfill\parbox[t]{60 mm}{\centering#2\\\today}}
+% \def\signed#1{\bigskip\rightline{\vbox{\halign to 60 true mm{\hss##\hss\cr
+% #1\cr \today\crcr}}}}
diff --git a/mod.makefile b/mod.makefile
deleted file mode 100644 (file)
index 246555b..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,44 +0,0 @@
-SHELL    := /bin/bash
-SRC      = ../../../src
-
-vpath %.f      ${SRC}
-vpath %.f90    ${SRC}
-vpath %.F90    ${SRC}
-vpath %.strip  ${SRC}
-
-ifeq ("$(DEBUG)","")
-OPT = -fast
-else
-OPT = $(DEBUG)
-endif
-
-include $(BASE)/${ARCH}/$(COMPILER)/Flags
-
-include ${SRC}/Module-list
-
-MODULES = ${subst .F90,.mod,${subst .f90,.mod,${MODULESRC}}}
-ifneq ($(strip $(OPENGL)),)
-  GLMOD = f03gl_gl.mod f03gl_glu.mod f03gl_glut.mod \
-          marching_cubes.mod gl_module.mod display.mod
-endif
-
-.SUFFIXES:
-
-# modfiles: ${MODULES} ${GLMOD}
-
-#  Update modfiles: the compile.pl script compiles the source, first
-#  backing up all module files that it provides, and then compares each
-#  module file with the backup. If they are the same, the new module
-#  file is deleted and the backup restored; otherwise the backup is deleted.
-#  The object file produced by the compilation can be kept; only the
-#  executable depends on it. 
-# %.mod: %.f90
-#      -[ $< -nt orient.o ] && \$(BASE)/bin/compile.pl \
-#             "${FC} ${FFLAGS}" -mod .${MOD} -c $<
-
-# %.mod: %.F90
-#      -[ $< -nt orient.o ] && $(BASE)/bin/compile.pl \
-#             "${FC} ${FFLAGS}" -mod .${MOD} -c $<
-
-# include $(BASE)/src/Module_dependencies
-
diff --git a/osx/gfortran/exe/.gitignore b/osx/gfortran/exe/.gitignore
new file mode 100644 (file)
index 0000000..02e2dd2
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,4 @@
+#  Ignore everything in this directory (i.e. object and module files)
+*
+#  Except this file itself
+!.gitignore
diff --git a/sub.makefile b/sub.makefile
deleted file mode 100644 (file)
index 5f9b994..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,128 +0,0 @@
-SRC      = ${BASE}/src
-
-PREFIX = /usr/local
-INSTALL_DIR = ${PREFIX}/bin
-
-#  Pass variable definitions from the main Makefile: e.g. DEFS=
-#DEFS   = -DTEST_VIRIAL
-
-ifeq ("$(DEBUG)","")
-OPT = ""
-else
-OPT = $(DEBUG)
-endif
-
-vpath %.f      ${SRC}
-vpath %.f90    ${SRC}
-vpath %.F90    ${SRC}
-vpath %.strip  ${SRC}
-vpath %.x90    ${SRC}
-
-include $(BASE)/${ARCH}/$(COMPILER)/Flags
-
-include ${BASE}/VERSION
-DATE   :=$(shell date '+%d %b %Y')
-
-.SUFFIXES:
-
-#  Get MODULESRC
-include ${SRC}/Module-list
-
-# Get SOURCEFILES
-include ${SRC}/Object-list
-
-OBJECTS = ${subst .F90,.o,${subst .f,.o,${subst .f90,.o,${SOURCEFILES}}}}
-
-ifeq "${OGL}" "yes"
-  GLMOD = f03gl_gl.o f03gl_glu.o f03gl_glut.o \
-          marching_cubes.o gl_module.o display.o
-  IGNORE := --ignore f03gl_kinds
-  OPENGL = true
-else
-  #  Using static libraries, therefore not the OpenGL routines
-  IGNORE = --ignore display
-endif
-MODULES = ${subst .F90,.o,${subst .f90,.o,${MODULESRC}}} ${GLMOD}
-
-ORIENT  :=  orient-$(VERSION).${PATCHLEVEL}
-
-orient: runorient.o ${MODULES} ${OBJECTS} ${BLAS}
-       @echo "FFLAGS = ${FFLAGS}"
-       @echo "LIBRARIES = ${LIBRARIES}"
-       ${FC} ${LDFLAGS}  -o orient-$(VERSION).${PATCHLEVEL} runorient.o ${MODULES} \
-            ${OBJECTS} $(F77OBJ) ${LIBRARIES} ${LIBS}
-       chmod a+rx ${ORIENT}
-       ln -sf ${ORIENT} orient
-       ln -sf ${PWD}/${ORIENT} ${BASE}/bin/orient
-
-install: orient
-       rm -f ${INSTALL_DIR}/orient ${INSTALL_DIR}/orient$(VERSION).${PATCHLEVEL}
-       chmod a+rx orient
-       chown root:other orient
-       mv orient ${INSTALL_DIR}
-       ln ${INSTALL_DIR}/orient ${INSTALL_DIR}/orient$(VERSION)
-
-rebuild:
-       ${MAKE} orient FRC=force_rebuild \
-              DEBUG="$(DEBUG)" OPT="$(OPT)"
-
-force_rebuild:
-
-depend:
-       cd ${BASE}/src; depend -e .${MOD} -o ${BASE}/${COMPILER}/Dependencies \
-        --ignore "f90_unix_env f90_unix_io  f90_unix_proc" \
-        ${IGNORE} ${SOURCEFILES} ${MODULESRC} ${GLMOD}
-
-${OBJECTS}: ${FRC}
-
-modules: ${MODULES}
-
-source_list: ${MODULESRC} $(SOURCEFILES)
-       @ls $?
-
-distrib_src: $(source) runorient.f90
-       cp -p $? ../distrib/src
-
-#  Always recompile the orient routine -- it is different depending on
-#  whether OPENGL is set or not
-orient.o: orient.F90 always
-
-always:
-
-clean:
-       rm -f *.o *.mod core ${FILES}
-
-#  Special cases:
-version.mod: %.mod: %.x90 force
-       perl -p -e "if ( /version/i ) {s/VERSION/${VERSION}.${PATCHLEVEL}/}" \
-            -e "if (/build/i) {s/DATE/${DATE}/}" $< > ${BASE}/src/$*.f90
-       perl -i -p -e "s/DATE.*/DATE       := $(DATE)/" ${BASE}/VERSION
-       $(FC) $(FFLAGS2) $(DEFS) -c ${BASE}/src/version.f90
-       @echo "Orient ${VERSION}  ${DATE}" 
-
-virial_module.F90 md.F90: %.F90: %.strip
-       cd ${SRC}; ${BASE}/bin/patch_recipes.pl --recipes ${RECIPES} $@
-
-histograms.f90: %.f90: %.strip
-       cd ${SRC}; ${BASE}/bin/patch_recipes.pl --recipes ${RECIPES} $@
-
-recipes.f90:
-       cd ${SRC}; ${BASE}/bin/patch_recipes.pl --recipes ${RECIPES} $@
-
-%.o: %.F90
-       $(FC) $(FFLAGS) ${OPENGL} -c $< -o $@
-
-%.o: %.f90
-       $(FC) $(FFLAGS) -c $< -o $@
-
-%.o: %.f
-       $(FC) $(FFLAGS) -c $< -o $@
-
-patch: recipes.f90 virial_module.F90 md.F90 histograms.f90
-
-include ${BASE}/src/Dependencies
-ifeq "${OGL}" "yes"
-orient.o: display.mod
-endif
-
-force:
diff --git a/tests/.gitignore b/tests/.gitignore
new file mode 100644 (file)
index 0000000..3e2cd14
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,51 @@
+*.done
+*~
+*.log
+*.pl
+#
+#  Test output files
+#
+H2CO..HF/dump.ts
+H2CO..HF/freq
+H2CO..HF/min.xyz
+H2CO..HF/out
+H2O..H2O/min.xyz
+H2O..H2O/minf.xyz
+H2O..H2O/out
+HF..HF/dump.min
+HF..HF/min.freq
+HF..HF/min.xyz
+HF..HF/orient_error
+HF..HF/out
+HF..HF/ts.freq
+HF..HF/ts.xyz
+MD/md.dump
+MD/md.dump.moldyn
+MD/md.stats
+MD/mdgmin.dump
+MD/mdgmin.xyz
+MD/mdplot.xyz
+MD/min.dump
+MD/out
+MD/td.min
+MD/mdquench*
+NaCl..w2/out
+NaCl..w2/w2mina.dump
+NaCl..w2/w2mina.xyz
+NaCl..w2/w2minb.dump
+NaCl..w2/w2minb.xyz
+basinhop/minima.geom
+basinhop/minima.xyz
+basinhop/out
+basinhop/save.cfg
+dielectric/Ca_min.xyz
+dielectric/out
+dielectric/r_Ca
+fit_CH4/out
+formamide/orient_error
+formamide/out
+virialcoeff/mayer.out
+virialcoeff/out
+water_hexamer/min.dump
+water_hexamer/opt.xyz
+water_hexamer/out