Minor corrections
authorAnthony Stone <ajs1@cam.ac.uk>
Mon, 12 Nov 2018 15:46:37 +0000 (15:46 +0000)
committerAnthony Stone <ajs1@cam.ac.uk>
Mon, 12 Nov 2018 15:49:47 +0000 (15:49 +0000)
doc/Manual.tex: Program citations updated.
Release notes updated.

Release_notes
doc/Manual.pdf
doc/Manual.tex
x86-64/nag/Flags

index c0f2733..a019a6d 100644 (file)
@@ -1,3 +1,14 @@
+
+
+
+5.0.07
+Major release which should have happened to reflect the
+non-backward-compatible changes to the display routines in 4.9.13.
+This release also includes a substantial rewrite of the alphas.f90
+routine that handles manipulation of polarizabilities. Rank limits for
+polarizabilities can now be applied to non-local as well as local
+polarizabilities.
+
 4.9.15
 More bug fixes. No-graphics binaries now provided.
 
@@ -10,36 +21,29 @@ versatile, easier and more logical to use, and with a number of
 additional features. Details are in the manual.
 
 4.8.29
-
 Added modified Tang-Toennies damping (b coefficient dependent on form
 of exchange-repulsion energy). Various minor changes (see ChangeLog).
 
 4.8.21
-
 Further improvements and bug-fixes. 
 
 4.8.14
-
 Minor improvements and bug-fixes.
 
 4.8.08
-
 Many-body analysis extended to handle clusters of up to 30 molecules
 (subject to time and memory limitations).
 
 4.8.06
-
 New syntax for specifying constraints on a BFGS optimization.
 For example, a group of molecules can be constrained to have the same
 orientation, or to be equally spaced on a lattice.
 Colour maps can include contour lines.
 
 4.7.08
-
 Various minor adjustments and corrections.
 
 4.7.02
-
 Code introduced to implement first derivatives of the energy with
 respect to angle-axis coordinates, using the methods of Chakrabarti &
 Wales (PCCP (2009) 11, 1970). 
@@ -48,23 +52,19 @@ Now working correctly.
 Basin-hopping procedure added.
 
 4.6.10
-
 Colour maps can be defined in hue-saturation-value notation as an
 alternative to hue-luminance-saturation.
 
 4.6.09
-
 Lillestolen-Wheatley localization of polarizabilities implemented.
 
 4.6.08
-
 display.F90: Colourmap command introduced to simplify generation of
 colour maps by reference to hue, saturation and luminance. Maximum
 number of colours in map increased to 32.
 rotmat.f90: Sanity check to avoid rotating about a zero vector.
 
 4.6.06
-
 Changes to display.F90 and gl_module.F90 to improve treatment of
 vector displays and to fix bugs.
 Numbers describing molecular positions and rotations are treated as
@@ -75,12 +75,10 @@ an optimization, though it is still necessary to specify a rotation
 for each molecule.
 
 4.6.05
-
 A system with too many bonds (more than 32) or too many atoms (more
 than 40) failed to display correctly or caused the program to crash.
 
 4.6.04
-
 Minor corrections to the graphics module.
 "EXPORT ALL FILE dumpfile" option to the graphical display routine
 generates a dumpfile containing all information needed to construct
@@ -88,23 +86,19 @@ the display. (The intention is to write a stand-alone program to
 create the display from the data, but it doesn't yet work.)
 
 4.6.03
-
 A type declaration that specified zero radius but also the atomic
 number (in that order) had the radius over-written with the default
 value. Now corrected.
 
 4.6.02
-
 Bug corrected in Euler angle printout following optimization. alpha
 and gamma angles relative to m1->m2 vector were sometimes incorrect by
 180 degrees.
 
 4.6.01
-
 Corrected bug that prevented printing of molecule induction energies.
 
 4.6.00
-
 Major revision. Main change is the introduction of graphical display
 facilities using OpenGL. (Needs a Fortran 2003 compiler.)
 
index 7bbc31e..52b6a5f 100644 (file)
Binary files a/doc/Manual.pdf and b/doc/Manual.pdf differ
index 80a9b1b..6668da6 100644 (file)
@@ -177,7 +177,7 @@ are interested in using the program to send
 email to ajs1@cam.ac.uk. Please acknowledge use of the program in any
 publications arising from its use, by citing appropriate references from the
 bibliography below. A suitable
-form of reference to the program itself is also listed \citep{Orient4.5}.
+form of reference to the program itself is also listed \citep{Orient5.0}.
 
 \subsection{Background and bibliography}
 
@@ -190,13 +190,13 @@ calculating them forms part of the
 \CamCASP package \citep{CamCASP}, and is also available in
 {\sc Molpro} \citep{Molpro98}. Distributed multipoles can also be calculated
 using the Gaussian program system \citep{Gaussian98} together with the GDMA
-program \citep{GDMA98,Stone05b}.
+program \citep{Stone05b}.
 
 The theory of distributed polarizabilities was given
 by \citet{Stone85}, and the practicalities of calculating them were
 discussed by \citet{LeSueurS93,LeSueurS94}. All of these
 issues are also discussed in \emph{The Theory of Intermolecular Forces}
-\citep{timf96}. Distributed polarizabilities can be calculated using
+\citep{timf}. Distributed polarizabilities can be calculated using
 the CamCASP package \citep{CamCASP}, and are produced in a form that
 can be read directly into Orient. CamCASP can also provide distributed
 polarizabilities at imaginary frequency, and these can be used to
index 50f755c..09d121c 100644 (file)
@@ -34,7 +34,7 @@ else
   #  display routines.
   LDFLAGS := $(DEBUG) -Bstatic -unsharedrts
   LIBRARIES := ${ATLASLIBDIR} ${LIBDIR}
-  LIBS      := ${X11LIB} ${LIBS} ${GCCLIB} -lpthread
+  LIBS      := ${X11LIB} ${LIBS} ${GCCLIB} -lgfortran -lquadmath -lpthread
 endif
 
 MOD       := mod